More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1682 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  100 
 
 		 254 aa  523  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  63.53 
 
 		 251 aa  338  2.9999999999999998e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  60.15 
 
 		 262 aa  323  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  63.5 
 
 		 263 aa  311  9e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  60 
 
 		 251 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  57.48 
 
 		 252 aa  305  4.0000000000000004e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  60 
 
 		 254 aa  293  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  41.18 
 
 		 272 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  37.68 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  37.68 
 
 		 223 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  36.23 
 
 		 225 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  33.98 
 
 		 210 aa  93.6  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  29.96 
 
 		 236 aa  92.4  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  35.51 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  35.51 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  40.71 
 
 		 143 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  36.3 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  34.88 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  34.03 
 
 		 154 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  28.09 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  36.24 
 
 		 160 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  35.06 
 
 		 148 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  36.3 
 
 		 159 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  34.52 
 
 		 170 aa  79.7  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  32.95 
 
 		 161 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  33.77 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  33.77 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  34.87 
 
 		 152 aa  79.3  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  33.77 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  34.25 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  34.97 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2542  putative ribonuclease H1  29.81 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  26.43 
 
 		 463 aa  77.8  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  31.82 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  34.62 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  36 
 
 		 148 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  36.81 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84962  predicted protein  35.48 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.536372  normal  0.854998 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  33.8 
 
 		 154 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  35.71 
 
 		 148 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  33.8 
 
 		 154 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  33.8 
 
 		 154 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  29.07 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  36.62 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  37.84 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  37.84 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  37.84 
 
 		 146 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  37.84 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  37.84 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  37.84 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  37.84 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  34.75 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  34.75 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  37.5 
 
 		 147 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  34.75 
 
 		 150 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  33.55 
 
 		 150 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  32.2 
 
 		 175 aa  75.1  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  33.75 
 
 		 160 aa  74.7  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  38.16 
 
 		 147 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  35.48 
 
 		 145 aa  74.7  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  37.5 
 
 		 147 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  38.16 
 
 		 147 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  37.5 
 
 		 147 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  34.87 
 
 		 151 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  34.9 
 
 		 153 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  36.3 
 
 		 145 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  34.97 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  35.92 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  33.57 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  32 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  33.56 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  37.16 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  36.55 
 
 		 162 aa  72  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  36.18 
 
 		 147 aa  72  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  33.33 
 
 		 159 aa  72  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  34.04 
 
 		 152 aa  72  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  35.46 
 
 		 148 aa  71.6  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6404  ribonuclease H  34.12 
 
 		 215 aa  71.6  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  31.72 
 
 		 154 aa  71.6  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1213  ribonuclease H  32.28 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.799475 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  31.79 
 
 		 157 aa  71.2  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  35.21 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  34.27 
 
 		 149 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  30.14 
 
 		 151 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  36.67 
 
 		 153 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  44.57 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  32.39 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  34.64 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  34.21 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  32.21 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  34.21 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  34.55 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  34.04 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2183  RNase HI  32.89 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  33.79 
 
 		 146 aa  69.7  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  35.86 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1455  Ribonuclease H  32.34 
 
 		 159 aa  68.9  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  36.24 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  30.3 
 
 		 163 aa  68.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  33.33 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>