More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0006 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0006  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  100 
 
 		 231 aa  475  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.179819  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2745  endonuclease III  80.86 
 
 		 222 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0203  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  71.15 
 
 		 218 aa  306  3e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.419558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  68.57 
 
 		 214 aa  299  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2571  endonuclease III  65.87 
 
 		 215 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2991  endonuclease III  61.64 
 
 		 233 aa  282  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  64.29 
 
 		 210 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  67.48 
 
 		 215 aa  282  3.0000000000000004e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2824  endonuclease III  62.9 
 
 		 250 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105195 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  64.42 
 
 		 228 aa  279  2e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  63.94 
 
 		 228 aa  279  3e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1046  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  64.9 
 
 		 214 aa  278  6e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  63.94 
 
 		 230 aa  276  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  64.42 
 
 		 216 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  64.29 
 
 		 229 aa  275  4e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2747  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  63.46 
 
 		 212 aa  275  6e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  61.36 
 
 		 236 aa  274  9e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  63.94 
 
 		 216 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  62.86 
 
 		 249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2655  endonuclease III  62.02 
 
 		 212 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  62.86 
 
 		 260 aa  272  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2633  endonuclease III  63.39 
 
 		 225 aa  272  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1562  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  65.69 
 
 		 226 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888667 
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  62.38 
 
 		 248 aa  271  6e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  61.9 
 
 		 211 aa  270  1e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  65.84 
 
 		 237 aa  270  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2607  endonuclease III  61.06 
 
 		 217 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  60.95 
 
 		 211 aa  268  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2297  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  63 
 
 		 212 aa  268  5e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  64.53 
 
 		 213 aa  268  5e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  62.44 
 
 		 236 aa  267  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  62.62 
 
 		 214 aa  267  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2465  endonuclease III  61.79 
 
 		 212 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  61.03 
 
 		 213 aa  265  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1336  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4758  endonuclease III  63.18 
 
 		 248 aa  265  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0812049  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0936  endonuclease III  62.14 
 
 		 214 aa  265  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0591838 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  62.62 
 
 		 240 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  62.14 
 
 		 214 aa  264  7e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  264  8e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3311  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  264  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1005  endonuclease III protein  62.69 
 
 		 214 aa  263  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248668  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  63.37 
 
 		 212 aa  263  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  62.02 
 
 		 212 aa  263  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1836  endonuclease III  61.24 
 
 		 213 aa  263  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.194851  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1014  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  63 
 
 		 214 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.969692 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1499  endonuclease III  61.69 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0871  endonuclease III  61.65 
 
 		 214 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.348794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  62.8 
 
 		 254 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  61.84 
 
 		 258 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  61.35 
 
 		 261 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4249  endonuclease III  63.05 
 
 		 249 aa  262  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884041  normal  0.624306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  62.38 
 
 		 212 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2350  endonuclease III  61.17 
 
 		 214 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1235  endonuclease III  60.68 
 
 		 214 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.649386 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1715  endonuclease III  61.17 
 
 		 214 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104745  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2327  endonuclease III  61.17 
 
 		 214 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  60.68 
 
 		 214 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1638  endonuclease III  59.05 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.104677  normal  0.333144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.54 
 
 		 274 aa  259  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0724  endonuclease III  59.43 
 
 		 213 aa  259  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.155914  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  62.19 
 
 		 212 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  60.68 
 
 		 214 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002943  endonuclease III  60.29 
 
 		 213 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00243051  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3888  endonuclease III/Nth  62.19 
 
 		 212 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.324947 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5669  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.17 
 
 		 214 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.38 
 
 		 212 aa  259  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  62.81 
 
 		 268 aa  259  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2873  endonuclease III  62.5 
 
 		 222 aa  258  7e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0463  endonuclease III  58.74 
 
 		 226 aa  258  8e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0687351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18880  endonuclease III  62.19 
 
 		 212 aa  257  8e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00491393  normal  0.0304533 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  60.29 
 
 		 256 aa  257  9e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.77 
 
 		 211 aa  257  9e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  61.39 
 
 		 212 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2079  endonuclease III  58.65 
 
 		 214 aa  257  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29657 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19210  endonuclease III/Nth  59.62 
 
 		 212 aa  256  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24401  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.77 
 
 		 212 aa  255  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4149  endonuclease III  61.19 
 
 		 212 aa  255  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0162  endonuclease III  60.68 
 
 		 262 aa  255  4e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.562877  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0586  endonuclease III  57.75 
 
 		 270 aa  255  4e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  60.29 
 
 		 213 aa  255  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1133  endonuclease III  60.1 
 
 		 335 aa  254  9e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.620108 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01603  DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)  59.81 
 
 		 211 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00133572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2008  endonuclease III  59.81 
 
 		 211 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00632932  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1709  endonuclease III  59.81 
 
 		 211 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00510464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1566  endonuclease III  59.81 
 
 		 211 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1842  endonuclease III  59.81 
 
 		 211 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2359  endonuclease III  63.29 
 
 		 213 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.39 
 
 		 212 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  60.71 
 
 		 260 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  60.1 
 
 		 219 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.1 
 
 		 219 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  62.07 
 
 		 214 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  59.33 
 
 		 211 aa  254  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>