More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0089 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3334  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.43 
 
 
679 aa  639    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.95 
 
 
681 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0089  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 
629 aa  1271    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0181751  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3491  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.7 
 
 
635 aa  643    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.394167  normal  0.250752 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0015  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.34 
 
 
656 aa  634  1e-180  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0027  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.44 
 
 
681 aa  627  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0879817  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1359  DEAD/DEAH box helicase  55.44 
 
 
681 aa  628  1e-178  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0443  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.69 
 
 
685 aa  625  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0005  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.37 
 
 
616 aa  622  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6085  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2659  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.43 
 
 
679 aa  624  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0004  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.13 
 
 
615 aa  624  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.49802 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2656  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.55 
 
 
790 aa  615  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343812  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1128  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.5 
 
 
613 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.438623  normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0006  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.74 
 
 
615 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354235  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0007  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.57 
 
 
615 aa  593  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.334789 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0006  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.72 
 
 
615 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1931  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.25 
 
 
711 aa  591  1e-167  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161576  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0913  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.42 
 
 
617 aa  585  1e-166  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.631203  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.16 
 
 
633 aa  588  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.34 
 
 
715 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2101  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.4 
 
 
625 aa  585  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4516  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.42 
 
 
715 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121492  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5313  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.26 
 
 
616 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2984  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.25 
 
 
600 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.31482 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0953  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.58 
 
 
611 aa  581  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.58 
 
 
611 aa  581  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1438  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.18 
 
 
625 aa  581  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4022  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.25 
 
 
715 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0251984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1644  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.5 
 
 
709 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3738  ATP-dependent DNA helicase RecQ:ATP-requiring DNA helicase RecQ  47.67 
 
 
709 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145176  normal  0.0175539 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4306  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.16 
 
 
607 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227101  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32800  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.67 
 
 
707 aa  575  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0870  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.5 
 
 
611 aa  577  1.0000000000000001e-163  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1812  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.83 
 
 
710 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646087  normal  0.880119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3805  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.84 
 
 
714 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.824216  hitchhiker  0.00000305051 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.34 
 
 
601 aa  575  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.69477  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.76 
 
 
599 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.833511  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.25 
 
 
712 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1786  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.16 
 
 
711 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.15 
 
 
621 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0695  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.42 
 
 
612 aa  568  1e-161  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.17 
 
 
598 aa  571  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0896  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.5 
 
 
598 aa  567  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.33 
 
 
709 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2958  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.94 
 
 
636 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217223 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.75 
 
 
615 aa  561  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6077  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.99 
 
 
618 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.9148  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.82 
 
 
622 aa  561  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0153  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.42 
 
 
633 aa  558  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3305  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.45 
 
 
637 aa  558  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.563115  normal  0.0132339 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3025  ATP-dependent DNA helicase protein  48.79 
 
 
637 aa  554  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0062287  normal  0.0101494 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4701  ATP-dependent DNA helicase, RecQ  50.75 
 
 
618 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0649  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.6 
 
 
600 aa  554  1e-156  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0734  ATP-dependent DNA helicase  46.77 
 
 
600 aa  553  1e-156  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48 
 
 
596 aa  550  1e-155  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.74 
 
 
601 aa  551  1e-155  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4412  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.42 
 
 
619 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659664  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.69 
 
 
630 aa  548  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.554418  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3472  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
615 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.290967  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.99 
 
 
603 aa  548  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
615 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6924  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.69 
 
 
625 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.286849 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2638  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
615 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.923469  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3783  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
647 aa  548  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0410934  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3175  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
763 aa  548  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0819328  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2446  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.42 
 
 
739 aa  547  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.772322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3074  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.72 
 
 
644 aa  547  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0876032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1918  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
658 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0352657  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0299  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.08 
 
 
609 aa  546  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236448  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2846  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.62 
 
 
615 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3752  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
615 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3441  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.62 
 
 
615 aa  544  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000567848  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0321  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
615 aa  545  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0467683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1047  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.67 
 
 
657 aa  542  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.763377  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2981  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.97 
 
 
693 aa  545  1e-153  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2765  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
615 aa  545  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0243  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.97 
 
 
615 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.120365 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0270  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.45 
 
 
615 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.816269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.62 
 
 
615 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0342  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.78 
 
 
615 aa  545  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.98 
 
 
611 aa  541  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2226  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.25 
 
 
647 aa  540  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0308  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.29 
 
 
615 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.356078  normal  0.56487 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1290  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.9 
 
 
616 aa  541  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.289447  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.8 
 
 
608 aa  536  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1868  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.68 
 
 
719 aa  538  1e-151  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.96 
 
 
620 aa  536  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0224  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 
611 aa  538  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.72 
 
 
608 aa  536  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3650  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.96 
 
 
615 aa  537  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000258992  hitchhiker  0.00000000287243 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0731  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.02 
 
 
625 aa  534  1e-150  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0084  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.32 
 
 
623 aa  533  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0199  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.93 
 
 
602 aa  532  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00344  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.65 
 
 
625 aa  530  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30110  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.21 
 
 
617 aa  528  1e-149  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.756128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.47 
 
 
609 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33130  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.66 
 
 
607 aa  526  1e-148  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0486618  normal  0.887985 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1489  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.93 
 
 
603 aa  528  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536233  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0218  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.55 
 
 
610 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.3 
 
 
599 aa  526  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>