More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2656 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1359  DEAD/DEAH box helicase  73.35 
 
 		 681 aa  974    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0027  ATP-dependent DNA helicase RecQ  73.35 
 
 		 681 aa  973    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0879817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0443  ATP-dependent DNA helicase RecQ  71.04 
 
 		 685 aa  936    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2659  ATP-dependent DNA helicase RecQ  71.11 
 
 		 679 aa  964    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3334  ATP-dependent DNA helicase RecQ  72.39 
 
 		 679 aa  957    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  72.9 
 
 		 681 aa  969    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2656  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 		 790 aa  1566    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0089  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.55 
 
 		 629 aa  594  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0181751  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0896  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.56 
 
 		 598 aa  581  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32800  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.29 
 
 		 707 aa  576  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1290  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.27 
 
 		 616 aa  578  1.0000000000000001e-163  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.289447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1786  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.17 
 
 		 711 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.25 
 
 		 709 aa  568  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2984  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.09 
 
 		 600 aa  568  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.31482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3805  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.41 
 
 		 714 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.824216  hitchhiker  0.00000305051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.75 
 
 		 712 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.66 
 
 		 603 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.26 
 
 		 601 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4516  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.33 
 
 		 715 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1047  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.66 
 
 		 657 aa  559  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.763377  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.33 
 
 		 715 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4022  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.65 
 
 		 715 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251984 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1931  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.91 
 
 		 711 aa  561  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161576  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.5 
 
 		 633 aa  557  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3491  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.3 
 
 		 635 aa  558  1e-157  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.394167  normal  0.250752 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0015  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.76 
 
 		 656 aa  555  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2101  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.34 
 
 		 625 aa  556  1e-157  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1812  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49 
 
 		 710 aa  558  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646087  normal  0.880119 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1644  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.15 
 
 		 709 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1438  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.42 
 
 		 625 aa  555  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4306  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.33 
 
 		 607 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227101  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  46.72 
 
 		 611 aa  551  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  46.72 
 
 		 611 aa  551  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.72 
 
 		 609 aa  551  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3738  ATP-dependent DNA helicase RecQ:ATP-requiring DNA helicase RecQ  47.89 
 
 		 709 aa  551  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145176  normal  0.0175539 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.72 
 
 		 609 aa  551  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.72 
 
 		 609 aa  551  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.55 
 
 		 611 aa  550  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.83 
 
 		 601 aa  551  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.69477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5313  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.25 
 
 		 616 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.55 
 
 		 609 aa  549  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  46.72 
 
 		 609 aa  552  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.72 
 
 		 611 aa  551  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0930  hypothetical protein  46.06 
 
 		 608 aa  547  1e-154  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0004  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.75 
 
 		 615 aa  547  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.49802 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.27 
 
 		 621 aa  548  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0224  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.62 
 
 		 611 aa  546  1e-154  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.49 
 
 		 599 aa  549  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.833511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.26 
 
 		 630 aa  546  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.554418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.83 
 
 		 714 aa  546  1e-154  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.69 
 
 		 620 aa  544  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400145  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.24 
 
 		 598 aa  545  1e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6924  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50 
 
 		 625 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.286849 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0899  hypothetical protein  45.73 
 
 		 608 aa  543  1e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0299  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.16 
 
 		 609 aa  544  1e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4701  ATP-dependent DNA helicase, RecQ  49.83 
 
 		 618 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0839  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.69 
 
 		 626 aa  544  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.305009 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.62 
 
 		 599 aa  544  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4412  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.83 
 
 		 619 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.79 
 
 		 611 aa  542  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0005  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.67 
 
 		 616 aa  545  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6085  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0870  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.34 
 
 		 611 aa  543  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.6 
 
 		 622 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.02 
 
 		 609 aa  541  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4345  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.37 
 
 		 615 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0913  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.83 
 
 		 617 aa  540  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.631203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.57 
 
 		 596 aa  541  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2446  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.02 
 
 		 739 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.772322  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4187  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.37 
 
 		 615 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1489  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.13 
 
 		 603 aa  540  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536233  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0953  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.51 
 
 		 611 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.51 
 
 		 611 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0170  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.13 
 
 		 633 aa  541  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4166  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.06 
 
 		 615 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4285  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.37 
 
 		 615 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.362747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1128  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.34 
 
 		 613 aa  542  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.438623  normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.37 
 
 		 615 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.03 
 
 		 608 aa  540  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0243  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.8 
 
 		 615 aa  538  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.120365 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1868  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.01 
 
 		 719 aa  538  1e-151  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3441  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.46 
 
 		 615 aa  537  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000567848  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.69 
 
 		 608 aa  536  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2765  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.63 
 
 		 615 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0270  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.46 
 
 		 615 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.816269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.46 
 
 		 615 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0342  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.63 
 
 		 615 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0321  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.63 
 
 		 615 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0467683 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.69 
 
 		 615 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0734  ATP-dependent DNA helicase  46.36 
 
 		 600 aa  534  1e-150  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00344  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.45 
 
 		 625 aa  533  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0114  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.99 
 
 		 639 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.186389 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0649  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.36 
 
 		 600 aa  535  1e-150  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3025  ATP-dependent DNA helicase protein  48.7 
 
 		 637 aa  529  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0062287  normal  0.0101494 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0555  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.72 
 
 		 610 aa  530  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2638  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.53 
 
 		 615 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.923469  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0695  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.6 
 
 		 612 aa  530  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3783  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.53 
 
 		 647 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0410934  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1604  ATP-dependent DNA helicase  45.32 
 
 		 601 aa  531  1e-149  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3752  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.53 
 
 		 615 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.53 
 
 		 615 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>