More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1456 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1456  SsrA-binding protein  100 
 
 		 150 aa  306  5.9999999999999995e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1861  SsrA-binding protein  94.67 
 
 		 150 aa  292  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706787  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1301  SsrA-binding protein  89.66 
 
 		 148 aa  276  8e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.928696  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1424  SsrA-binding protein  88.97 
 
 		 148 aa  273  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  hitchhiker  0.00854817 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1365  SsrA-binding protein  88.97 
 
 		 148 aa  273  8e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2049  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0189824  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1532  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184904  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2558  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2467  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.838466  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2032  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17643  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3280  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.234096  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2435  SsrA-binding protein  80 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.335989  normal  0.0945366 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1303  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.840826  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2412  SsrA-binding protein  81.76 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.579445  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1702  SsrA-binding protein  80 
 
 		 148 aa  248  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1901  SsrA-binding protein  80.41 
 
 		 148 aa  246  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1277  SsrA-binding protein  79.73 
 
 		 148 aa  244  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.622701 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2019  SsrA-binding protein  79.73 
 
 		 148 aa  243  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6078  SsrA-binding protein  79.73 
 
 		 148 aa  243  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1999  SsrA-binding protein  79.73 
 
 		 148 aa  243  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2032  SsrA-binding protein  79.05 
 
 		 148 aa  242  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.148914  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5309  SsrA-binding protein  77.7 
 
 		 148 aa  239  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0732663  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1318  SsrA-binding protein  77.93 
 
 		 148 aa  236  8e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.183841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1426  SsrA-binding protein  75.34 
 
 		 150 aa  234  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1203  SsrA-binding protein  71.72 
 
 		 147 aa  228  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.386062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1756  SsrA-binding protein  70.75 
 
 		 149 aa  226  7e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.941289  normal  0.680146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1145  SsrA-binding protein  68.46 
 
 		 154 aa  224  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.533821  normal  0.478578 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0526  SsrA-binding protein  71.92 
 
 		 150 aa  224  3e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.867775 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1616  SsrA-binding protein  68.97 
 
 		 155 aa  214  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.823656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2342  SsrA-binding protein  68.97 
 
 		 149 aa  209  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.994349  normal  0.13276 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2057  SsrA-binding protein  63.51 
 
 		 154 aa  208  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00464392 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2757  SsrA-binding protein  65.28 
 
 		 158 aa  207  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2627  SsrA-binding protein  67.59 
 
 		 148 aa  206  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  62.33 
 
 		 157 aa  205  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  65.75 
 
 		 157 aa  204  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3374  SsrA-binding protein  65.97 
 
 		 157 aa  204  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2055  SsrA-binding protein  64.38 
 
 		 159 aa  202  9e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2436  SsrA-binding protein  64.14 
 
 		 149 aa  202  9e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1198  SsrA-binding protein  63.19 
 
 		 189 aa  201  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11518  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1256  SsrA-binding protein  63.89 
 
 		 157 aa  201  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0547561  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2552  SsrA-binding protein  63.89 
 
 		 157 aa  201  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446859 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0277  SsrA-binding protein  58.39 
 
 		 153 aa  200  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0454  SsrA-binding protein  58.39 
 
 		 153 aa  200  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020171 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2546  SsrA-binding protein  65.03 
 
 		 157 aa  199  9e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0662204  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2005  SsrA-binding protein  63.83 
 
 		 185 aa  199  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0231332  normal  0.713632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3004  SsrA-binding protein  63.19 
 
 		 173 aa  197  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.034117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3903  SsrA-binding protein  62.5 
 
 		 157 aa  196  9e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3370  SsrA-binding protein  59.72 
 
 		 160 aa  191  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0666937  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  60.42 
 
 		 158 aa  188  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5488  SsrA-binding protein  58.9 
 
 		 159 aa  186  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63060  SsrA-binding protein  58.9 
 
 		 159 aa  186  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.976463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0358  SsrA-binding protein  59.44 
 
 		 158 aa  182  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0325  SsrA-binding protein  59.44 
 
 		 158 aa  181  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1485  SsrA-binding protein  59.59 
 
 		 165 aa  182  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2005  SsrA-binding protein  62.24 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141035 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1455  SsrA-binding protein  58.62 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000318181  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1393  SsrA-binding protein  58.62 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00517715  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3632  SsrA-binding protein  56.38 
 
 		 173 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.865786 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1909  SsrA-binding protein  57.53 
 
 		 160 aa  180  5.0000000000000004e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43050  SsrA-binding protein  54.36 
 
 		 160 aa  179  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.490843  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2898  SsrA-binding protein  57.64 
 
 		 156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2751  SsrA-binding protein  57.64 
 
 		 156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3101  SsrA-binding protein  53.1 
 
 		 157 aa  176  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4515  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  173  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.10067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4203  SsrA-binding protein  54.48 
 
 		 160 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0755  SsrA-binding protein  53.69 
 
 		 160 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.609664  normal  0.307584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4734  SsrA-binding protein  53.02 
 
 		 160 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.683241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4733  SsrA-binding protein  52.35 
 
 		 160 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4599  SsrA-binding protein  52.35 
 
 		 160 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432881  normal  0.0841371 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1530  SsrA-binding protein  52.78 
 
 		 158 aa  168  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0698  SsrA-binding protein  51.68 
 
 		 160 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.105025  hitchhiker  0.0000324101 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1463  SsrA-binding protein  55.86 
 
 		 167 aa  168  2e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0677616  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1520  SsrA-binding protein  55.86 
 
 		 167 aa  167  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01177  SsrA-binding protein  56.25 
 
 		 167 aa  167  6e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.130797  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1407  SsrA-binding protein  54.36 
 
 		 164 aa  166  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02508  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0844393  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1055  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3009  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117126  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02472  hypothetical protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110756  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2772  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.114696  normal  0.13195 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1064  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.356681  normal  0.744572 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2778  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000718154  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3860  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0583942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2904  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.386686  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2479  SsrA-binding protein  52.03 
 
 		 161 aa  166  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0209136  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1590  SsrA-binding protein  53.02 
 
 		 167 aa  164  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1520  SsrA-binding protein  53.69 
 
 		 164 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0417834  hitchhiker  0.000500018 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1239  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 186 aa  163  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2388  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 160 aa  163  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3690  SsrA-binding protein  52.78 
 
 		 160 aa  163  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0581968  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1094  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 162 aa  163  9e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.146996  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01809  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 159 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00252244  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3302  SsrA-binding protein  52.7 
 
 		 160 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3100  SsrA-binding protein  52.78 
 
 		 168 aa  161  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.920357  normal  0.213677 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1282  SsrA-binding protein  51.33 
 
 		 164 aa  161  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0727299  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3972  SsrA-binding protein  47.92 
 
 		 159 aa  160  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.437148 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2883  SsrA-binding protein  51.37 
 
 		 160 aa  160  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.195745 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2833  SsrA-binding protein  51.37 
 
 		 160 aa  160  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0494582  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2901  SsrA-binding protein  51.37 
 
 		 160 aa  160  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2903  SsrA-binding protein  51.37 
 
 		 160 aa  160  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.70343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>