More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1621 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 355 aa  709    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.38 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  47.59 
 
 		 347 aa  290  2e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  49.25 
 
 		 354 aa  290  4e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.15 
 
 		 350 aa  290  4e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  45.81 
 
 		 343 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  47.18 
 
 		 349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  46.11 
 
 		 348 aa  283  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  44.8 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  45.65 
 
 		 363 aa  279  4e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  46.41 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  45.35 
 
 		 346 aa  277  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.5 
 
 		 348 aa  275  7e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  43.71 
 
 		 352 aa  272  8.000000000000001e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  43.14 
 
 		 341 aa  271  1e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  44.61 
 
 		 342 aa  270  4e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  48.35 
 
 		 331 aa  268  8e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.69 
 
 		 332 aa  264  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.21 
 
 		 319 aa  261  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  47.65 
 
 		 345 aa  260  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.83 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.24 
 
 		 304 aa  255  8e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  46.55 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  47.25 
 
 		 377 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_3606  predicted protein  46.36 
 
 		 332 aa  253  3e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0259924  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.51 
 
 		 304 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  44.1 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.93 
 
 		 325 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.75 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  45.72 
 
 		 343 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 302 aa  250  3e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  44.31 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  41.32 
 
 		 356 aa  249  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.61 
 
 		 321 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.8 
 
 		 306 aa  249  6e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  45.43 
 
 		 343 aa  248  8e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  45.86 
 
 		 334 aa  248  8e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.37 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.48 
 
 		 312 aa  248  1e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  46.63 
 
 		 334 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  46.27 
 
 		 346 aa  247  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.9 
 
 		 320 aa  247  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.67 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.83 
 
 		 334 aa  247  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.48 
 
 		 319 aa  247  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.83 
 
 		 347 aa  246  4e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.67 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.67 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.67 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.67 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  45.18 
 
 		 319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.67 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  43.1 
 
 		 306 aa  245  6.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.15 
 
 		 302 aa  245  8e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.92 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  44.15 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.56 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.37 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.15 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.71 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  45.35 
 
 		 309 aa  243  3.9999999999999997e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.51 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  45.03 
 
 		 323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.67 
 
 		 313 aa  243  5e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.25 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 		 304 aa  241  2e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.15 
 
 		 326 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 306 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  43.58 
 
 		 306 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  41.74 
 
 		 329 aa  239  4e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  41.4 
 
 		 328 aa  239  4e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  44.51 
 
 		 315 aa  239  4e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.57 
 
 		 322 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.22 
 
 		 343 aa  238  8e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  45.33 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  44.51 
 
 		 400 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  44.32 
 
 		 370 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  43.58 
 
 		 376 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  40.29 
 
 		 336 aa  238  2e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.61 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.21 
 
 		 403 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.77 
 
 		 313 aa  237  3e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.65 
 
 		 324 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.52 
 
 		 335 aa  237  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  39.16 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.63 
 
 		 337 aa  236  4e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  45.45 
 
 		 334 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  44.86 
 
 		 315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.82 
 
 		 320 aa  236  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  42.56 
 
 		 304 aa  236  6e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  44.38 
 
 		 352 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  42.7 
 
 		 326 aa  235  8e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  44.38 
 
 		 352 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  41.81 
 
 		 342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  44.83 
 
 		 341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  44.38 
 
 		 352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.67 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>