More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3185 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
346 aa  688    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  98.27 
 
 
346 aa  679    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  86.13 
 
 
345 aa  586  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  78.03 
 
 
346 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3114  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  75.52 
 
 
347 aa  510  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548007  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  73.39 
 
 
341 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  73.39 
 
 
341 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  70.7 
 
 
342 aa  449  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2619  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  71.95 
 
 
341 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997079  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  68.9 
 
 
340 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.8 
 
 
340 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1751  D-xylose ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  63.4 
 
 
345 aa  408  1e-113  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.067893  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  45.12 
 
 
347 aa  258  1e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  43.11 
 
 
330 aa  253  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  43.37 
 
 
333 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  43.22 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.22 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  43.22 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  42.22 
 
 
331 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  43.22 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  41.92 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  43.22 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  42.9 
 
 
330 aa  243  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  42.9 
 
 
330 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  42.9 
 
 
330 aa  243  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.1 
 
 
342 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.1 
 
 
342 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.77 
 
 
342 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  44.77 
 
 
365 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.77 
 
 
342 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  41.27 
 
 
333 aa  240  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.07 
 
 
342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.61 
 
 
381 aa  238  8e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  41.54 
 
 
342 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.54 
 
 
342 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.44 
 
 
342 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.72 
 
 
339 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  43.46 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  41.02 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.79 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  42.59 
 
 
335 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.79 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  41.62 
 
 
331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  41.02 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  44.37 
 
 
339 aa  233  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  41.16 
 
 
331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  41.16 
 
 
331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  43.32 
 
 
339 aa  232  9e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.45 
 
 
351 aa  229  5e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39 
 
 
344 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.83 
 
 
333 aa  225  8e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.84 
 
 
333 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.37 
 
 
335 aa  219  6e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.37 
 
 
335 aa  219  6e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.32 
 
 
368 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  40.84 
 
 
333 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.58 
 
 
350 aa  216  7e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2699  D-xylose-binding periplasmic protein precursor  61.59 
 
 
171 aa  212  7e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.544213  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  38.46 
 
 
352 aa  203  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2701  D-xylose-binding periplasmic protein precursor  65.92 
 
 
180 aa  191  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.614373  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  34.54 
 
 
352 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  35.58 
 
 
360 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  37.72 
 
 
370 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  37.3 
 
 
356 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  34.01 
 
 
362 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  39.08 
 
 
369 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  32.85 
 
 
376 aa  159  5e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  32.91 
 
 
365 aa  159  6e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  36.66 
 
 
376 aa  159  7e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 
363 aa  159  8e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  36.28 
 
 
378 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  36.03 
 
 
372 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.71 
 
 
354 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.71 
 
 
354 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  31.73 
 
 
354 aa  149  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  35.69 
 
 
374 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  34.31 
 
 
373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.62 
 
 
361 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  31.85 
 
 
378 aa  146  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  32.75 
 
 
381 aa  143  4e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  35.57 
 
 
380 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  31.63 
 
 
365 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  31.61 
 
 
367 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  31.07 
 
 
358 aa  139  6e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  31.43 
 
 
353 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  31.44 
 
 
374 aa  139  7.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0841  ABC sugar transporter, periplasmic solute-binding protein  35.92 
 
 
355 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  31.7 
 
 
385 aa  138  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  32.17 
 
 
383 aa  138  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.28 
 
 
364 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0693  ABC-type xylose transport system periplasmic component  40.72 
 
 
261 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0157817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  31.29 
 
 
356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  30.09 
 
 
385 aa  136  5e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.37 
 
 
353 aa  136  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.37 
 
 
353 aa  136  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.29 
 
 
356 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  34.07 
 
 
359 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.63 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.23 
 
 
354 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  31.46 
 
 
355 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>