More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2991 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 134 aa  270  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  85.07 
 
 		 134 aa  233  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  84.33 
 
 		 134 aa  233  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  62.69 
 
 		 134 aa  179  9.000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.43 
 
 		 134 aa  173  7e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.67 
 
 		 136 aa  169  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  58.78 
 
 		 135 aa  164  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.67 
 
 		 135 aa  159  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.34 
 
 		 135 aa  146  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.79 
 
 		 135 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.28 
 
 		 135 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.84 
 
 		 134 aa  133  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2499  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.2 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4816  transport protein ExbD  55.73 
 
 		 139 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55340  transport protein ExbD  55.73 
 
 		 139 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2198  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.56 
 
 		 137 aa  117  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  35.25 
 
 		 139 aa  81.6  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.31 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.31 
 
 		 140 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.54 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.93 
 
 		 140 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.93 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.93 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.93 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.93 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.93 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.93 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.93 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  33.61 
 
 		 153 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  33.61 
 
 		 153 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  32.84 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0757  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.29 
 
 		 142 aa  72.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  31.93 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  32.77 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.65 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  32.26 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  28.69 
 
 		 146 aa  70.5  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  30.16 
 
 		 155 aa  70.5  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 		 145 aa  70.5  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  35 
 
 		 158 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.12 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2667  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.23 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  29.17 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0011  biopolymer transport ExbD1 protein  33.91 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.39 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.09 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  33.61 
 
 		 156 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 		 141 aa  67.4  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  29.93 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  33.08 
 
 		 142 aa  67  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.03 
 
 		 176 aa  67  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.03 
 
 		 176 aa  67  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.03 
 
 		 176 aa  67  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 		 136 aa  67  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 		 137 aa  67  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.03 
 
 		 176 aa  67  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 		 136 aa  67  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  29.63 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  31.58 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  30.51 
 
 		 173 aa  66.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.03 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  30.89 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 		 147 aa  66.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 		 143 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  33.61 
 
 		 157 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  33.06 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  30.77 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3669  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  33.06 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 		 143 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 		 144 aa  64.7  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 		 167 aa  64.7  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  28.33 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  28.33 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  28.81 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>