More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2499 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2499  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
141 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55340  transport protein ExbD  90.65 
 
 
139 aa  220  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4816  transport protein ExbD  90.65 
 
 
139 aa  220  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.12 
 
 
136 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.35 
 
 
135 aa  155  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  57.03 
 
 
134 aa  152  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2198  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  70 
 
 
137 aa  152  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  55.3 
 
 
135 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.33 
 
 
134 aa  145  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.2 
 
 
134 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.81 
 
 
134 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.02 
 
 
134 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
135 aa  137  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.12 
 
 
135 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.52 
 
 
135 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.31 
 
 
134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  35.14 
 
 
153 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.07 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  34.15 
 
 
147 aa  85.5  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.07 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.07 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.65 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.07 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.07 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.33 
 
 
142 aa  84  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.33 
 
 
142 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.46 
 
 
141 aa  83.2  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.37 
 
 
141 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  33.57 
 
 
153 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  33.57 
 
 
153 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.85 
 
 
140 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
133 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
137 aa  81.6  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 
140 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1119  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
136 aa  80.5  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
136 aa  79.7  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  35.07 
 
 
156 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.59 
 
 
142 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
135 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  35.97 
 
 
155 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.19 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
141 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  29.32 
 
 
139 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
140 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  36.03 
 
 
146 aa  77.4  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
140 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  28.89 
 
 
139 aa  77  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.1 
 
 
136 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.798627  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1756  biopolymer transport ExbD protein  34.03 
 
 
143 aa  76.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
137 aa  76.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  36.43 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
140 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  34.43 
 
 
151 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0672  TonB system transport protein ExbD  38.24 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.678508  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 
147 aa  75.5  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  34.43 
 
 
151 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  36.07 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
141 aa  74.7  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  33.33 
 
 
152 aa  74.7  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
145 aa  74.7  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  35.77 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.88 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
133 aa  73.6  0.0000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1052  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
156 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  28.68 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
153 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  34.92 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
142 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
158 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
137 aa  72.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3920  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.48 
 
 
146 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  31.4 
 
 
173 aa  72  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
143 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
140 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3787  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.52 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3268  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.48 
 
 
146 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.93 
 
 
141 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
148 aa  72  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4606  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.24 
 
 
142 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
140 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
138 aa  72.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4482  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.728082  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0653  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
138 aa  72  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0620  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0170  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
127 aa  71.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>