More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2308 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3461  radical SAM domain protein  98.95 
 
 		 476 aa  985    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.361209 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2476  radical SAM domain-containing protein  97.9 
 
 		 476 aa  976    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.187942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0762  Radical SAM domain protein  72.42 
 
 		 476 aa  748    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.502838  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2944  radical SAM domain-containing protein  97.06 
 
 		 476 aa  972    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.388692  normal  0.122709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2308  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 476 aa  996    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2981  Radical SAM domain protein  58.69 
 
 		 477 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0847138  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2974  radical SAM family protein  56.14 
 
 		 477 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1704  radical SAM domain-containing protein  56.14 
 
 		 485 aa  556  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.347799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3029  radical SAM family protein  36.46 
 
 		 484 aa  311  1e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0038885  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6677  radical SAM family protein  30.58 
 
 		 470 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  28.64 
 
 		 460 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2198  radical SAM domain-containing protein  29.32 
 
 		 457 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1909  radical SAM domain-containing protein  30.02 
 
 		 450 aa  192  9e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00558063  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0534  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 		 447 aa  190  5e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00011095  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  26.05 
 
 		 450 aa  189  7e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2423  radical SAM family protein  29.62 
 
 		 473 aa  184  4.0000000000000006e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000017109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0679  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 		 462 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1460  radical SAM domain-containing protein  27.42 
 
 		 461 aa  182  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000686349  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1008  Radical SAM domain protein  27.43 
 
 		 460 aa  181  2e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3298  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000268991  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  32.53 
 
 		 458 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2206  radical SAM domain-containing protein  29.54 
 
 		 456 aa  171  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000327652  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  32.04 
 
 		 452 aa  170  5e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0109  Radical SAM domain protein  31.39 
 
 		 465 aa  169  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0623  Radical SAM domain protein  27.03 
 
 		 453 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000646743  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 		 489 aa  159  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0871  radical SAM domain-containing protein  24.74 
 
 		 489 aa  155  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.128121  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2372  Radical SAM domain protein  28.08 
 
 		 463 aa  150  5e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.545422  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4919  Radical SAM domain protein  25.92 
 
 		 476 aa  148  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000220499  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0069  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 		 452 aa  142  9e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000122492  hitchhiker  0.00745391 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0945  Radical SAM domain protein  27.97 
 
 		 453 aa  141  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00793831  normal  0.0982171 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1754  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 		 447 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0305986  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  26.08 
 
 		 439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0946  Radical SAM domain protein  28.31 
 
 		 492 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.21013  normal  0.166002 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0678  radical SAM domain-containing protein  26.8 
 
 		 464 aa  120  3.9999999999999996e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.628302  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4137  Radical SAM domain protein  26.55 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4047  Radical SAM domain protein  24.81 
 
 		 403 aa  117  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1837  Radical SAM domain protein  24.82 
 
 		 518 aa  113  7.000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.654863  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2677  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 		 464 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.773927  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2600  Radical SAM domain protein  26.99 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2370  Radical SAM domain protein  34.93 
 
 		 462 aa  99.8  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0417  radical SAM family protein  26.01 
 
 		 457 aa  97.8  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1246  radical SAM family protein  28.43 
 
 		 432 aa  97.4  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0936067  normal  0.0177716 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1441  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 		 474 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0328  Radical SAM domain protein  24.63 
 
 		 468 aa  95.5  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1741  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 728 aa  94.7  3e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0185422  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0912  Radical SAM domain protein  27.19 
 
 		 367 aa  94  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0100915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1962  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 		 436 aa  94  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0687  radical SAM domain-containing protein  23.3 
 
 		 481 aa  92.8  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3234  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 		 397 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4179  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 411 aa  90.5  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000042782  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1364  radical SAM domain-containing protein  37.14 
 
 		 460 aa  90.5  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.458082  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2456  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 470 aa  88.2  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2722  Radical SAM domain protein  26.7 
 
 		 487 aa  87.8  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1446  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 443 aa  87.4  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6683  Radical SAM domain protein  23.64 
 
 		 428 aa  87  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.630813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1520  radical SAM domain-containing protein  25.29 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2031  radical SAM family protein  24.86 
 
 		 481 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2359  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 		 450 aa  86.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.288415  hitchhiker  0.00183234 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4206  radical SAM domain-containing protein  24.59 
 
 		 411 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000150338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000310  arylsulfatase regulator  31.34 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0575  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 434 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1961  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 		 440 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4019  arylsulfatase-activating protein AslB  24.59 
 
 		 411 aa  85.9  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197695  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5236  arylsulfatase-activating protein AslB  24.38 
 
 		 411 aa  84.7  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000331519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1683  radical SAM family protein  25.35 
 
 		 460 aa  84.3  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0515  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 		 400 aa  84  0.000000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000107878  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2395  Radical SAM domain protein  24.44 
 
 		 394 aa  84  0.000000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1381  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  25.07 
 
 		 398 aa  83.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0418  radical SAM domain-containing protein  23.71 
 
 		 431 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4165  arylsulfatase-activating protein AslB  24.86 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000104917  normal  0.969874 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3364  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 		 484 aa  83.2  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.155713  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0479  radical SAM domain-containing protein  23.91 
 
 		 471 aa  83.2  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4120  arylsulfatase-activating protein AslB  23.33 
 
 		 411 aa  82.8  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000574144  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4314  arylsulfatase-activating protein AslB  23.33 
 
 		 411 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133586  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1098  arylsulfatase regulator (Fe-S oxidoreductase)-like protein  26.3 
 
 		 275 aa  82.8  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.852177  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2069  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.64 
 
 		 398 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256382 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1414  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.64 
 
 		 398 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.634455  normal  0.453788 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1398  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.64 
 
 		 398 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00310802 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2425  radical SAM domain-containing protein  26.78 
 
 		 434 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.200383  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1888  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.64 
 
 		 398 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.422634  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2157  radical SAM domain-containing protein  24.47 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3560  radical SAM domain-containing protein  23.64 
 
 		 435 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.291344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2899  Radical SAM domain protein  31.51 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2391  Radical SAM domain protein  34.75 
 
 		 446 aa  80.5  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000244115  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5726  radical SAM domain-containing protein  32.5 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.559875 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03675  predicted regulator of arylsulfatase activity  24.31 
 
 		 411 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00136934  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03624  hypothetical protein  24.31 
 
 		 411 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00100971  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1267  radical SAM family protein  24.21 
 
 		 473 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361932  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3390  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 		 435 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.106597 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0563  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 		 435 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1732  radical SAM domain-containing protein  24.25 
 
 		 393 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0603581  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 		 800 aa  78.2  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3221  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 		 484 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.726288  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3080  arylsulfatase regulator  25.5 
 
 		 438 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  0.0699226 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0073  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 496 aa  75.5  0.000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1502  radical SAM domain-containing protein  35.04 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0399675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1353  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 		 429 aa  74.7  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.973606  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1457  radical SAM domain-containing protein  35.04 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>