More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1436 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  77.39 
 
 
693 aa  1097    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.00000979868  decreased coverage  0.000575313 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3804  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.71 
 
 
698 aa  636    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00343497  decreased coverage  0.0000140841 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0559  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.34 
 
 
698 aa  667    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000154535  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1318  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  51.59 
 
 
756 aa  659    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0376564  decreased coverage  0.0000000122508 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.9 
 
 
708 aa  686    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.449772  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1436  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
691 aa  1414    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000631982  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1571  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.96 
 
 
693 aa  703    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.000060483  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1532  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  54.36 
 
 
697 aa  718    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1126  ATP-dependent DNA helicase RecQ  87.7 
 
 
691 aa  1222    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.760992  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4347  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.03 
 
 
699 aa  628  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0558193  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0673  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  48.93 
 
 
695 aa  610  1e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.293047  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3718  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.61 
 
 
698 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0485  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.11 
 
 
697 aa  567  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0315  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44 
 
 
698 aa  482  1e-135  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.316141  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7074  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.77 
 
 
689 aa  484  1e-135  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3301  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.04 
 
 
723 aa  473  1e-132  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1193  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.86 
 
 
691 aa  460  9.999999999999999e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.346189  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3226  ATP-dependent DNA helicase RecQ family  42.69 
 
 
691 aa  457  1e-127  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225844  hitchhiker  0.0000186089 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5233  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.31 
 
 
704 aa  458  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.157625 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06850  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.36 
 
 
713 aa  452  1.0000000000000001e-126  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1626  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.57 
 
 
706 aa  455  1.0000000000000001e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.135098  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4745  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.65 
 
 
691 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.865957 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4657  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.65 
 
 
691 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.17835  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03530  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 
734 aa  450  1e-125  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5040  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.36 
 
 
691 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26563  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18920  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.34 
 
 
762 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.275245  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1091  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.03 
 
 
788 aa  444  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.305899  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1524  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.49 
 
 
712 aa  443  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4305  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.85 
 
 
724 aa  445  1e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.586353  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5584  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.47 
 
 
718 aa  439  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128967  normal  0.346665 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0819  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.97 
 
 
745 aa  434  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0672  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.08 
 
 
729 aa  431  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20415  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1612  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.77 
 
 
733 aa  427  1e-118  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.644858 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0447  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.45 
 
 
708 aa  427  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0452326  decreased coverage  0.00000647403 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0376  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.94 
 
 
712 aa  421  1e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5950  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.92 
 
 
749 aa  419  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0569292 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22560  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.49 
 
 
979 aa  417  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.188991  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2394  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40 
 
 
756 aa  414  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396069  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4035  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.94 
 
 
679 aa  413  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000527005  normal  0.0486665 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0133  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.25 
 
 
714 aa  414  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.931384  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0677  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.06 
 
 
754 aa  412  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00766403  normal  0.0478204 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0184  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.92 
 
 
741 aa  404  1e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1305  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  38.61 
 
 
766 aa  401  9.999999999999999e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.572742  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0827  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.63 
 
 
706 aa  391  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.493882  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1940  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.43 
 
 
706 aa  368  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.187923  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0495  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.17 
 
 
448 aa  242  2e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00264596  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.8 
 
 
641 aa  206  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.44 
 
 
602 aa  204  7e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6077  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.97 
 
 
618 aa  203  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.9148  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  35.29 
 
 
563 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000199537  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.95 
 
 
622 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  35.03 
 
 
793 aa  201  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  35.64 
 
 
679 aa  201  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.95 
 
 
621 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  33.24 
 
 
707 aa  198  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4236  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  35.42 
 
 
535 aa  198  3e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.12 
 
 
633 aa  197  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  36.19 
 
 
716 aa  197  4.0000000000000005e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.93 
 
 
617 aa  197  7e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2541  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  35.36 
 
 
646 aa  197  8.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0694576  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2842  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.54 
 
 
705 aa  196  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0115008  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2865  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.54 
 
 
705 aa  196  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000591362  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2543  ATP-dependent DNA helicase Q  36.54 
 
 
705 aa  195  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2576  ATP-dependent DNA helicase (RecQ)  36.54 
 
 
705 aa  195  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.238404  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2825  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.54 
 
 
705 aa  195  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000139283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.2 
 
 
630 aa  194  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.554418  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.87 
 
 
592 aa  194  7e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2627  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.26 
 
 
705 aa  193  7e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2818  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.26 
 
 
705 aa  193  7e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.01256  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6329  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  34.49 
 
 
588 aa  193  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.17 
 
 
721 aa  193  8e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.29 
 
 
646 aa  192  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.26 
 
 
705 aa  192  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2226  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.08 
 
 
647 aa  192  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0327  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.88 
 
 
724 aa  192  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.946569  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  34.08 
 
 
690 aa  191  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6833  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  33.06 
 
 
708 aa  191  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.63 
 
 
594 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  34.72 
 
 
662 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3650  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.71 
 
 
615 aa  192  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000258992  hitchhiker  0.00000000287243 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1290  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.46 
 
 
616 aa  191  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.289447  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1427  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.1 
 
 
709 aa  191  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3441  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.01 
 
 
615 aa  191  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000567848  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.88 
 
 
607 aa  191  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138004  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.72 
 
 
662 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.72 
 
 
662 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0761  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.63 
 
 
593 aa  190  7e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.089844  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0744  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.63 
 
 
593 aa  190  7e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1542  ATP-dependent DNA helicase RecQ  33.89 
 
 
592 aa  190  7e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.260757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2826  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.54 
 
 
705 aa  190  7e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.44 
 
 
662 aa  190  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2928  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.96 
 
 
728 aa  190  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000212564  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0243  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.01 
 
 
615 aa  189  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.120365 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2466  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.26 
 
 
705 aa  189  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.425923  normal  0.631246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35 
 
 
651 aa  189  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.93 
 
 
607 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0270  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.31 
 
 
615 aa  189  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.816269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.31 
 
 
615 aa  189  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1919  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.89 
 
 
706 aa  188  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.93 
 
 
607 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>