More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3556 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  639    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 325 aa  188  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.33 
 
 		 329 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 331 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  37.75 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  34.06 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 338 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1692  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 333 aa  165  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  37.12 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 326 aa  164  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1218  transcriptional regulator, AraC family  36.1 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 333 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  162  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 326 aa  162  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 330 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  35.06 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  39.72 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  39.72 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  41.2 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  39.72 
 
 		 347 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.13 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 316 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  30.03 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 331 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2150  transcriptional activator FtrA  33.56 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1215  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 356 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.836684  normal  0.0161998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.87 
 
 		 327 aa  156  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2087  transcriptional activator FtrA  36.82 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.31788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 331 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  34.55 
 
 		 321 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.03 
 
 		 326 aa  155  8e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 342 aa  155  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 333 aa  155  9e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  33.53 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3587  transcriptional activator FtrA  36.02 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116485  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.84 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6166  transcriptional regulator, AraC family  36.95 
 
 		 362 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0220245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5890  transcriptional activator FtrA  36.05 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 315 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0489  transcriptional regulator, AraC family  37.42 
 
 		 325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 347 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0049  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 322 aa  152  8e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3284  transcriptional activator FtrA  34.67 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.059892 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0835  transcriptional activator FtrA  35.8 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1565  transcriptional activator FtrA  35.8 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0715182  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0872  transcriptional activator FtrA  35.8 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.637455  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0055  transcriptional activator FtrA  35.8 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00213604  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.69 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2214  transcriptional activator FtrA  35.8 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00591748  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0964  transcriptional activator FtrA  35.8 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  36.43 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  32.92 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3202  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125903  unclonable  0.000000000016632 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.86 
 
 		 324 aa  149  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2051  transcriptional regulator, AraC family  37.7 
 
 		 344 aa  149  4e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0974748 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  36.43 
 
 		 324 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  33.22 
 
 		 329 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>