More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2223 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 302 aa  255  5e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  44.33 
 
 		 297 aa  252  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.38 
 
 		 307 aa  238  8e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.39 
 
 		 293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 325 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 322 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 335 aa  229  5e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 311 aa  228  8e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 305 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 305 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 324 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 301 aa  226  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.61 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  225  7e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  225  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 301 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.67 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 399 aa  221  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 315 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 296 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  41.53 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 316 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.28 
 
 		 303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.01 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>