More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5306 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5306  CheW protein  100 
 
 
179 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0138969  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0405  putative CheW protein  63.58 
 
 
177 aa  221  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05340  twitching motility protein PilI  63.69 
 
 
178 aa  218  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0510  twitching motility protein PilI  62.57 
 
 
178 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0490  CheW-like protein  60.67 
 
 
179 aa  211  5e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4990  type IV pili signal transduction protein PilI  60.8 
 
 
184 aa  210  8e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400912  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4864  putative CheW protein  60.8 
 
 
184 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0316337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5040  CheW protein  60.23 
 
 
184 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0474  CheW protein  59.66 
 
 
184 aa  206  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304474  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5032  type IV pilus protein PilI  57.87 
 
 
179 aa  204  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3769  putative CheW protein  44.69 
 
 
181 aa  134  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3632  twitching motility protein PilI  39.23 
 
 
179 aa  131  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2099  CheW protein  40.82 
 
 
176 aa  115  4e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1816  type IV pili signal transducer  40.82 
 
 
176 aa  112  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2902  putative CheW protein  36.93 
 
 
181 aa  110  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0357  CheW protein  36.31 
 
 
183 aa  110  1e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0717557  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0894  CheW protein  34.3 
 
 
176 aa  103  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1018  pilus biogenesis protein  34.3 
 
 
176 aa  103  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.708664  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0129  CheW-like protein  34.13 
 
 
178 aa  102  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01604  pilus biogenesis protein  35.8 
 
 
176 aa  99.4  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.329291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3087  CheW protein  34.66 
 
 
176 aa  89  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2157  putative CheW protein  35.06 
 
 
179 aa  83.2  2e-15  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2027  CheW protein  32.86 
 
 
163 aa  73.2  2e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0575  CheW protein  26.88 
 
 
183 aa  71.6  6e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.426805  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2154  putative CheW protein  29.13 
 
 
139 aa  71.6  6e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0744  CheW protein  40.7 
 
 
155 aa  71.2  7e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1560  putative CheW protein  30 
 
 
146 aa  71.2  8e-12  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.918027  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0516  CheW protein  27.75 
 
 
171 aa  70.9  1e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1773  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0875  CheW protein  27.78 
 
 
154 aa  68.9  4e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1871  CheW protein  39.58 
 
 
185 aa  68.2  6e-11  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1135  CheW protein  33.64 
 
 
145 aa  68.2  6e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0357  CheW-like protein  28.83 
 
 
159 aa  67  1e-10  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.269886  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0332  purine-binding chemotaxis protein CheW  28.26 
 
 
165 aa  67.4  1e-10  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0138  putative CheW protein  29.41 
 
 
147 aa  65.9  3e-10  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0706424  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0218  putative CheW protein  29.41 
 
 
147 aa  65.9  3e-10  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1327  CheW protein  29.03 
 
 
189 aa  65.9  3e-10  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.893593  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3023  CheW protein  30.89 
 
 
164 aa  65.1  5e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1450  chemotaxis signal transduction protein  29.41 
 
 
518 aa  65.1  5e-10  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1658  purine-binding chemotaxis protein CheW  26.47 
 
 
165 aa  65.1  5e-10  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0193462  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2076  CheW protein  26.61 
 
 
170 aa  64.3  9e-10  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2363  chemotaxis signal transduction protein, CheW-like protein  29.41 
 
 
156 aa  63.9  1e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0612  CheW protein  27.78 
 
 
166 aa  63.2  2e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.398331 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0243  CheW protein  35.05 
 
 
163 aa  63.5  2e-09  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1208  CheW protein  30.77 
 
 
179 aa  63.5  2e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0917816 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0491  CheW protein  33.66 
 
 
154 aa  62.8  3e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2314  CheW protein  24.09 
 
 
165 aa  62.4  3e-09  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1259  putative CheW protein  29.29 
 
 
158 aa  62  5e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.543562  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1198  chemotaxis signal transduction protein, purine binding protein, CheW-like  27.42 
 
 
158 aa  62  5e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0792  CheW protein  30 
 
 
164 aa  61.6  6e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.238147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2220  chemotaxis protein CheW  30.71 
 
 
159 aa  61.6  6e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0658  CheW protein  28.91 
 
 
169 aa  61.2  7e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2040  CheW protein  29.29 
 
 
158 aa  61.2  7e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0470  putative CheW protein  36.63 
 
 
165 aa  61.2  8e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.126414  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1244  CheW protein  26.53 
 
 
175 aa  61.2  8e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.95901  normal  0.252697 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3862  putative purine-binding chemotaxis protein  27.5 
 
 
159 aa  60.8  9e-09  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2148  CheW protein  31 
 
 
140 aa  60.8  9e-09  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0798486  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1184  CheW protein  26.87 
 
 
161 aa  60.5  1e-08  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0668983 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2621  CheW-like protein  26.53 
 
 
182 aa  60.5  1e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02863  chemotaxis protein CheW  29.27 
 
 
163 aa  60.8  1e-08  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2460  CheW protein  29.2 
 
 
181 aa  60.1  1e-08  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532054  normal  0.0797491 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0671  CheW protein  26.53 
 
 
180 aa  60.8  1e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0116901  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4612  CheW protein  42.05 
 
 
531 aa  60.5  1e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45500  putative purine-binding chemotaxis protein  27.5 
 
 
159 aa  60.5  1e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1195  CheW protein  38.04 
 
 
212 aa  60.8  1e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0284  CheW protein  28.28 
 
 
158 aa  60.5  1e-08  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.628672 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3576  putative CheW protein  30.28 
 
 
175 aa  60.1  2e-08  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.510091  normal  0.211391 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0172  putative CheW protein  28.57 
 
 
146 aa  59.7  2e-08  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0865787  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2441  putative CheW protein  32.99 
 
 
163 aa  59.7  2e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00205848  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1773  CheW protein  31.63 
 
 
161 aa  59.3  2e-08  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0690  purine-binding chemotaxis protein  29.07 
 
 
466 aa  59.7  2e-08  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00466397  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2708  CheW protein  28.97 
 
 
205 aa  59.7  2e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2899  CheW protein  30.56 
 
 
175 aa  60.1  2e-08  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100159  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2029  CheW protein  31.69 
 
 
200 aa  59.3  3e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0903  CheW protein  30.71 
 
 
175 aa  59.3  3e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.629976 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1391  CheW protein  26.19 
 
 
141 aa  59.3  3e-08  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3073  CheW protein  25.2 
 
 
136 aa  59.3  3e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  3.25581e-06 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07610  putative CheW protein  34.38 
 
 
159 aa  58.9  4e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0087055  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3690  CheW protein  30.36 
 
 
168 aa  58.9  4e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.158284  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0039  putative CheW protein  34.74 
 
 
154 aa  58.5  5e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2676  CheW protein  35.05 
 
 
212 aa  58.5  5e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0640816  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2796  putative CheW protein  27.27 
 
 
159 aa  58.2  6e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.153028  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2550  CheW protein  33.94 
 
 
174 aa  58.2  6e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0809  CheW protein  30 
 
 
163 aa  58.2  6e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2190  CheW protein  29.93 
 
 
199 aa  58.2  6e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0227  CheW protein  26.13 
 
 
148 aa  58.2  6e-08  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3155  CheW protein  29.55 
 
 
164 aa  58.2  7e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1566  putative CheW protein  28.57 
 
 
169 aa  58.2  7e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.173837  normal  0.497426 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1106  CheW protein  29.55 
 
 
164 aa  58.2  7e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0229  putative CheW protein  26.13 
 
 
151 aa  58.2  7e-08  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0331  CheW protein  31.25 
 
 
200 aa  57.8  8e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3419  putative CheW protein  27.87 
 
 
163 aa  57.8  8e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48741  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0992  CheW protein  29.51 
 
 
162 aa  57.8  8e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0071906  normal  0.764949 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1575  CheW protein  26.17 
 
 
239 aa  57.8  9e-08  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0210476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1574  CheW protein  34.65 
 
 
175 aa  57.8  9e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.10393 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0732  putative CheW protein  28.57 
 
 
146 aa  57.4  1e-07  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.189251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2283  chemotaxis protein CheW  28.93 
 
 
164 aa  57.4  1e-07  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1730  CheW protein  28.57 
 
 
146 aa  57.4  1e-07  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.996579  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3304  CheW protein  34.68 
 
 
479 aa  57.4  1e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1537  CheW protein  30.84 
 
 
174 aa  57  1e-07  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4169  putative CheW protein  26.19 
 
 
182 aa  57  1e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>