More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1783 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1783  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
468 aa  902    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.0029863  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2991  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.79 
 
 
475 aa  333  5e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.259312 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3394  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 
493 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.12188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6780  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.41 
 
 
476 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0356204  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 
506 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111121  normal  0.0306012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4452  ATPase domain-containing protein  32.33 
 
 
509 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5940  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  31.57 
 
 
448 aa  136  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.779513  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4916  histidine kinase  32.05 
 
 
509 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.69179 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0778  methanol utilization control sensor protein moxY, putative  26.44 
 
 
439 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.125881  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0484  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
473 aa  127  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3151  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 
453 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7524  histidine kinase  32.48 
 
 
477 aa  126  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293229  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0302  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 
560 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0814  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  27.27 
 
 
466 aa  107  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000114737  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3830  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 
496 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0270261 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2723  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  31.25 
 
 
486 aa  105  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.208049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1905  putative signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 
493 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0907492  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2641  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 
468 aa  103  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0321  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
476 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5445  histidine kinase  30.67 
 
 
478 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.403934  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2671  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
424 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329696  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1950  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
421 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222367  normal  0.821107 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3092  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
425 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300177  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0153  histidine kinase  34.89 
 
 
325 aa  92.8  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2803  histidine kinase  29.41 
 
 
422 aa  92  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.367455 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0477  two-component sensor histidine kinase  33.73 
 
 
488 aa  92  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.046141 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3391  histidine kinase  32.23 
 
 
356 aa  89.7  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.382044  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2272  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
471 aa  85.1  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2085  putative signal transduction histidine kinase  24.51 
 
 
680 aa  84.3  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0890651  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
472 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.935643  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
513 aa  83.6  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.506396  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0817  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  29.63 
 
 
466 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000394288  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
660 aa  83.2  0.000000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
801 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 
513 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  29.38 
 
 
671 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3248  histidine kinase  30.73 
 
 
403 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.298805  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0358  two-component sensor histidine kinase-like protein  33.58 
 
 
488 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0264511  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  27.98 
 
 
683 aa  81.3  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  36.57 
 
 
373 aa  81.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4189  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.122889  hitchhiker  0.0000562905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  31.03 
 
 
795 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2962  histidine kinase  27.91 
 
 
287 aa  80.1  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4015  sensory histidine kinase UhpB  31.58 
 
 
500 aa  80.1  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0243  histidine kinase  28.09 
 
 
490 aa  79.7  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00127323 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4178  sensory histidine kinase UhpB  31.58 
 
 
500 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2703  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 
552 aa  79.7  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.191431 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1029  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  26.53 
 
 
462 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1560  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
569 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3999  sensory histidine kinase UhpB  31.58 
 
 
500 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4120  sensory histidine kinase UhpB  31.58 
 
 
500 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44208  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1357  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
403 aa  79.7  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.246673  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01515  sensor histidine kinase  25.36 
 
 
447 aa  79  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4070  sensory histidine kinase UhpB  31.58 
 
 
500 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000090  sensor histidine protein kinase UhpB glucose-6-phosphate specific  26.21 
 
 
500 aa  78.2  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  28.44 
 
 
670 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1368  histidine kinase  31.71 
 
 
525 aa  78.2  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0028  sensory histidine kinase UhpB  28.57 
 
 
499 aa  78.2  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3132  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
424 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.345137  normal  0.393373 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2483  histidine kinase  28.81 
 
 
514 aa  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.705062  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3044  methanol utilization control sensor protein MoxY, putative  28.32 
 
 
475 aa  77.4  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.739153  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1510  histidine kinase  32.94 
 
 
378 aa  77.4  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0382398 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4898  ATPase domain-containing protein  32.13 
 
 
491 aa  77  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.246184  normal  0.165682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 
799 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4661  histidine kinase  31.69 
 
 
380 aa  76.6  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.249963  hitchhiker  0.00746099 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
440 aa  76.6  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0662145 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41030  Periplasmic sensory histidine protein kinase, two-component  30.09 
 
 
458 aa  76.6  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0649951  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3598  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
439 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
795 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2604  signal transduction histidine kinase glucose-6-phosphate-like protein  27.1 
 
 
495 aa  75.5  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3467  putative signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
446 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.548069  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26850  signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
441 aa  75.1  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.194015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1652  histidine kinase  31.94 
 
 
373 aa  74.7  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000168648  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 
784 aa  75.1  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1122  histidine kinase  34.18 
 
 
467 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1774  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
519 aa  74.3  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.737179  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5321  histidine kinase  32.92 
 
 
470 aa  74.3  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6074  putative two-component sensor histidine kinase  30.31 
 
 
521 aa  74.3  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
748 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
471 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.629472  normal  0.491206 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 
812 aa  74.3  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113199  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0623  sensor protein UhpB  30.41 
 
 
527 aa  74.3  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3503  sensory histidine kinase UhpB  28.14 
 
 
505 aa  73.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
344 aa  73.9  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
450 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
671 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3302  histidine kinase  25 
 
 
455 aa  73.6  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1193  histidine kinase  24.06 
 
 
497 aa  73.2  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0280854  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 
573 aa  73.2  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0289  transmembrane sensor kinase vsrA transcription regulator protein  32.8 
 
 
474 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.79349  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4390  putative signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
795 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  32.54 
 
 
463 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1390  putative signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
462 aa  73.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  32.54 
 
 
463 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
492 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  32.54 
 
 
492 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  32.54 
 
 
492 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  32.54 
 
 
492 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  32.54 
 
 
492 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>