More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2991 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2991  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
475 aa  945    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.259312 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1783  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.79 
 
 
468 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.0029863  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0484  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 
473 aa  173  5e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6780  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
476 aa  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0356204  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3394  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 
493 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.12188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7524  histidine kinase  32.05 
 
 
477 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293229  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1905  putative signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
493 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0907492  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4916  histidine kinase  30.94 
 
 
509 aa  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.69179 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4452  ATPase domain-containing protein  30.63 
 
 
509 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
506 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111121  normal  0.0306012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5940  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  33.42 
 
 
448 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.779513  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3830  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 
496 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0270261 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0302  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 
560 aa  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0778  methanol utilization control sensor protein moxY, putative  26.58 
 
 
439 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.125881  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3151  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.26 
 
 
453 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0814  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  26.14 
 
 
466 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000114737  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3044  methanol utilization control sensor protein MoxY, putative  30.22 
 
 
475 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.739153  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5445  histidine kinase  31.52 
 
 
478 aa  107  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.403934  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2641  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 
468 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2723  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  27.51 
 
 
486 aa  100  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.208049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2671  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
424 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329696  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2272  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
471 aa  96.3  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0321  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
476 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3302  histidine kinase  27.6 
 
 
455 aa  95.1  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0243  histidine kinase  28.91 
 
 
490 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00127323 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0358  two-component sensor histidine kinase-like protein  35.34 
 
 
488 aa  92  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0264511  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1950  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
421 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222367  normal  0.821107 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3059  histidine kinase  25.81 
 
 
459 aa  90.5  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548972  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
472 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.935643  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1786  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  28.95 
 
 
479 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.663112  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3092  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 
425 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300177  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7262  histidine kinase  30.64 
 
 
453 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.374696  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2833  histidine kinase  32.38 
 
 
447 aa  81.3  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.665069  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3132  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 
424 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.345137  normal  0.393373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
447 aa  81.3  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  34.04 
 
 
2361 aa  80.5  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0477  two-component sensor histidine kinase  33.33 
 
 
488 aa  80.5  0.00000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.046141 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0082  sensory histidine kinase UhpB  30.37 
 
 
509 aa  80.1  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.908057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4131  sensory histidine kinase UhpB  30.37 
 
 
509 aa  80.1  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.812455  normal  0.258097 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3085  putative two component signal transduction protein  27.19 
 
 
467 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2171  histidine kinase  32.99 
 
 
594 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6074  putative two-component sensor histidine kinase  31.63 
 
 
521 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
684 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5078  histidine kinase  30.87 
 
 
368 aa  77.8  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.9788 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 
700 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 
700 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
707 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 
700 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4079  sensory histidine kinase UhpB  29.91 
 
 
509 aa  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
665 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  30.12 
 
 
515 aa  77.4  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1105  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.16 
 
 
546 aa  77  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
573 aa  77  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 
703 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1763  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 
594 aa  75.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  31.34 
 
 
495 aa  76.3  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 
450 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 
671 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2077  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 
594 aa  75.1  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
703 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  30.65 
 
 
463 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2131  sensor histidine kinase  29 
 
 
394 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
541 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 
682 aa  73.6  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.203059 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3391  histidine kinase  33.21 
 
 
356 aa  73.6  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.382044  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
468 aa  73.6  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.231222  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  30.48 
 
 
463 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  30.48 
 
 
492 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  30.48 
 
 
492 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  30.48 
 
 
492 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  30.48 
 
 
492 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2604  signal transduction histidine kinase glucose-6-phosphate-like protein  28.91 
 
 
495 aa  73.2  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  30.48 
 
 
463 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
440 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0662145 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
448 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
492 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  32.56 
 
 
458 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1368  histidine kinase  29.74 
 
 
525 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0649  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 
490 aa  72  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1231  histidine kinase  24.17 
 
 
482 aa  72  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0877  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 
474 aa  71.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.858486  normal  0.37178 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0289  transmembrane sensor kinase vsrA transcription regulator protein  33.33 
 
 
474 aa  71.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.79349  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
493 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
462 aa  71.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
462 aa  71.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3746  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
688 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1874  histidine kinase  30.85 
 
 
293 aa  70.5  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
490 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
489 aa  70.5  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
395 aa  70.5  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5349  two-component sensor histidine kinase  24.32 
 
 
452 aa  70.1  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0266421 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3863  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
446 aa  70.1  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.165954  normal  0.826823 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3211  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.32 
 
 
394 aa  69.7  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0142  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 
485 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
420 aa  68.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  28.41 
 
 
687 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 
410 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
546 aa  68.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1193  histidine kinase  25.71 
 
 
497 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0280854  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>