More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0317 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4706  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  69.57 
 
 
541 aa  704  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0340  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  97.78 
 
 
541 aa  942  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.582352  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4890  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  92.42 
 
 
541 aa  895  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.452969  normal  0.355365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0339  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  99.45 
 
 
541 aa  1059  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.722367  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
541 aa  1065  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  decreased coverage  3.42214e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  70.32 
 
 
541 aa  729  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0447  chemotaxis sensory transducer  74.21 
 
 
541 aa  766  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2907  chemotaxis sensory transducer  55.66 
 
 
541 aa  550  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.300582 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3114  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  52.84 
 
 
541 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.860602  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4833  chemotaxis sensory transducer  53.31 
 
 
541 aa  495  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000956827  normal  0.082646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1630  chemotaxis sensory transducer  52.04 
 
 
541 aa  494  1e-138  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3279  methyl-accepting chemotaxis protein  53.21 
 
 
541 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149652  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2091  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.81 
 
 
541 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2268  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.55 
 
 
541 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.255239  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2263  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.26 
 
 
541 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43710  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  51.57 
 
 
541 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3666  chemotaxis transducer  51.01 
 
 
541 aa  452  1e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.260935  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.7 
 
 
541 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0931  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.89 
 
 
541 aa  452  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.476721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3441  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.7 
 
 
541 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0921  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.33 
 
 
541 aa  448  1e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2593  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.48 
 
 
540 aa  446  1e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.591477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48030  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  48.8 
 
 
541 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.478475 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4541  methyl-accepting chemotaxis protein  45.85 
 
 
541 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.726322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  59.43 
 
 
425 aa  425  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.817651  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4141  chemotaxis transducer  48.91 
 
 
541 aa  422  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5569  methyl-accepting chemotaxis protein  46.93 
 
 
541 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1418  chemotaxis sensory transducer  46.94 
 
 
541 aa  406  1e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4218  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  45.23 
 
 
541 aa  408  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2634  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  47.58 
 
 
542 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.917034  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3577  methyl-accepting chemotaxis protein  46.06 
 
 
542 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1491  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  45.41 
 
 
539 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4266  chemotaxis sensory transducer  50.1 
 
 
546 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261421  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4624  methyl-accepting chemotaxis protein  45 
 
 
539 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0868  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.18 
 
 
546 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3348  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.55 
 
 
542 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.946905  normal  0.024921 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3351  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  47.45 
 
 
570 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540062  normal  0.0241334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1334  methyl-accepting chemotaxis protein  61.48 
 
 
550 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1150  chemotaxis sensory transducer  57.39 
 
 
551 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3580  methyl-accepting chemotaxis protein  46.52 
 
 
546 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3322  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.19 
 
 
539 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.910778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3323  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.37 
 
 
539 aa  369  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2054  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.05 
 
 
539 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2109  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  45.36 
 
 
539 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.950044  normal  0.0787865 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2997  methyl-accepting chemotaxis protein  44.12 
 
 
542 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.686035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2878  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.91 
 
 
542 aa  360  3e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425048  normal  0.909341 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.98 
 
 
541 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608007  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2643  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.71 
 
 
550 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0855376  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3291  methyl-accepting chemotaxis protein  43.17 
 
 
542 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470345  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1438  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.59 
 
 
540 aa  344  3e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2319  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.54 
 
 
546 aa  342  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.217936  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3184  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.22 
 
 
541 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799555  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0860  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.48 
 
 
558 aa  336  7e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0995  methyl-accepting chemotaxis protein  40.11 
 
 
557 aa  335  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.467879  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2773  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.99 
 
 
540 aa  327  2e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44 
 
 
640 aa  285  1e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.82 
 
 
640 aa  285  1e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  46.24 
 
 
633 aa  284  3e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  46.49 
 
 
629 aa  279  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.92 
 
 
634 aa  279  9e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.04 
 
 
638 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.73 
 
 
638 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.43 
 
 
638 aa  278  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0106  methyl-accepting chemotaxis protein  35.99 
 
 
546 aa  274  3e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.827543  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.8 
 
 
619 aa  274  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.16 
 
 
543 aa  271  3e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0445  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.83 
 
 
638 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.455391  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0851  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.69 
 
 
674 aa  266  5e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.62 
 
 
637 aa  266  6e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  37.43 
 
 
642 aa  266  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  46.05 
 
 
638 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5092  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  39.91 
 
 
640 aa  264  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1391  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 
557 aa  263  5e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  36.56 
 
 
642 aa  263  5e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.68 
 
 
639 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523103  normal  0.0331864 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1672  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.32 
 
 
544 aa  263  8e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1798  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.78 
 
 
681 aa  261  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.381267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.13 
 
 
639 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5553  methyl-accepting chemotaxis protein  38.61 
 
 
640 aa  259  7e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  46.65 
 
 
647 aa  259  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.58 
 
 
637 aa  258  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.54 
 
 
541 aa  257  4e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.53 
 
 
639 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.886367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4658  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.53 
 
 
639 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415489  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.89 
 
 
650 aa  256  7e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0778  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.92 
 
 
639 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66043 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5159  methyl-accepting chemotaxis protein  46.63 
 
 
638 aa  252  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3680  methyl-accepting chemotaxis protein  43.88 
 
 
676 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0379  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  38.79 
 
 
647 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.454626  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  43.47 
 
 
634 aa  249  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.9 
 
 
540 aa  248  1e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.31 
 
 
638 aa  248  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5160  methyl-accepting chemotaxis protein  36.95 
 
 
647 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.391343  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0728  chemotaxis sensory transducer  43.47 
 
 
639 aa  247  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0712  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.67 
 
 
624 aa  247  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0732  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.63 
 
 
555 aa  246  7e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5021  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.38 
 
 
647 aa  246  9e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0828859  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5811  putative chemotaxis transducer  47.52 
 
 
647 aa  246  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.98 
 
 
634 aa  244  4e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000055  methyl-accepting chemotaxis protein  31.83 
 
 
543 aa  244  4e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000458726  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>