More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0550 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 273 aa  555  1e-157  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  42.81 
 
 		 277 aa  218  7e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  42.45 
 
 		 277 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 277 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 		 277 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 277 aa  211  9e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 		 308 aa  211  9e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  209  4e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 279 aa  202  4e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 284 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 278 aa  189  4e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 280 aa  185  7e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  41.7 
 
 		 269 aa  181  9.000000000000001e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 288 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  39.29 
 
 		 280 aa  178  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 		 268 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 		 268 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 276 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 279 aa  176  5e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  39.7 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.76 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  37.14 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  36.97 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  32.46 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 		 286 aa  170  3e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 285 aa  168  8e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.13 
 
 		 283 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 271 aa  161  8.000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 613 aa  161  9e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 		 292 aa  159  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 283 aa  159  3e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 285 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 287 aa  158  8e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  33.09 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 271 aa  156  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 265 aa  156  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  33.09 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.71 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  36.9 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.02 
 
 		 301 aa  153  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.5 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.25 
 
 		 286 aa  152  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 283 aa  152  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 280 aa  152  7e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 289 aa  151  8.999999999999999e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 298 aa  151  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.69 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 276 aa  149  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  36.53 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>