More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0015 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0015  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 
656 aa  1317    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3491  ATP-dependent DNA helicase RecQ  66.56 
 
 
635 aa  845    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.394167  normal  0.250752 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0089  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.72 
 
 
629 aa  615  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0181751  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3334  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.56 
 
 
679 aa  561  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.17 
 
 
681 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2656  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.6 
 
 
790 aa  555  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343812  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2659  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.63 
 
 
679 aa  554  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1359  DEAD/DEAH box helicase  47.85 
 
 
681 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0027  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.85 
 
 
681 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0879817  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0443  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.1 
 
 
685 aa  539  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4306  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.91 
 
 
607 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227101  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0004  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.59 
 
 
615 aa  537  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.49802 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1128  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.7 
 
 
613 aa  532  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.438623  normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0005  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.21 
 
 
616 aa  531  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6085  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.16 
 
 
633 aa  531  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.69 
 
 
601 aa  526  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.69477  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2984  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.22 
 
 
600 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.31482 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.7 
 
 
598 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.6 
 
 
599 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.833511  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2101  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.8 
 
 
625 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3805  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.05 
 
 
714 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.824216  hitchhiker  0.00000305051 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0007  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.31 
 
 
615 aa  510  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.334789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4516  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.67 
 
 
715 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121492  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.67 
 
 
715 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0913  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.15 
 
 
617 aa  508  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.631203  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0006  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.99 
 
 
615 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354235  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0953  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.48 
 
 
611 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.48 
 
 
611 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4022  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.69 
 
 
715 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0251984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.75 
 
 
622 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.34 
 
 
712 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5313  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.45 
 
 
616 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.66 
 
 
621 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1812  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.3 
 
 
710 aa  502  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646087  normal  0.880119 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0734  ATP-dependent DNA helicase  43.63 
 
 
600 aa  505  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.72 
 
 
709 aa  504  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6077  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.44 
 
 
618 aa  504  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.9148  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0006  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.86 
 
 
615 aa  504  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1786  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.5 
 
 
711 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0649  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.47 
 
 
600 aa  505  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1931  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.95 
 
 
711 aa  502  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161576  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1644  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.11 
 
 
709 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3738  ATP-dependent DNA helicase RecQ:ATP-requiring DNA helicase RecQ  43.95 
 
 
709 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145176  normal  0.0175539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32800  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.79 
 
 
707 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0695  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.97 
 
 
612 aa  501  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2226  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.43 
 
 
647 aa  495  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2446  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.78 
 
 
739 aa  496  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.772322  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4412  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.61 
 
 
619 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659664  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1438  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.01 
 
 
625 aa  496  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0153  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.79 
 
 
633 aa  493  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1290  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.84 
 
 
616 aa  492  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.289447  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4701  ATP-dependent DNA helicase, RecQ  45.67 
 
 
618 aa  492  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0170  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.97 
 
 
633 aa  491  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6924  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.78 
 
 
625 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.286849 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0896  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.89 
 
 
598 aa  488  1e-136  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0141  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.86 
 
 
677 aa  482  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.148561 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1851  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.99 
 
 
603 aa  481  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.484605  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1918  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.74 
 
 
658 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0352657  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2638  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.74 
 
 
615 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.923469  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3175  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.74 
 
 
763 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0819328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.05 
 
 
615 aa  481  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3783  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.74 
 
 
647 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0410934  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3441  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.36 
 
 
615 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000567848  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3752  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.74 
 
 
615 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3074  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.6 
 
 
644 aa  481  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0876032  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3472  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.74 
 
 
615 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.290967  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.74 
 
 
615 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0299  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.8 
 
 
609 aa  480  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236448  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2194  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.99 
 
 
603 aa  481  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0114  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.11 
 
 
639 aa  482  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.186389 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1868  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 
719 aa  478  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0321  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.2 
 
 
615 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0467683 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0839  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.09 
 
 
626 aa  476  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.305009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.14 
 
 
601 aa  478  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3305  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.5 
 
 
637 aa  478  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.563115  normal  0.0132339 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0459  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.78 
 
 
618 aa  478  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.5 
 
 
630 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.554418  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2765  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.2 
 
 
615 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0243  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.6 
 
 
615 aa  478  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.120365 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2958  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.18 
 
 
636 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217223 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0870  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.18 
 
 
611 aa  476  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0342  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.2 
 
 
615 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2981  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.58 
 
 
693 aa  473  1e-132  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3025  ATP-dependent DNA helicase protein  45.09 
 
 
637 aa  475  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0062287  normal  0.0101494 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33130  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.17 
 
 
607 aa  473  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0486618  normal  0.887985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3877  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.94 
 
 
717 aa  472  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2846  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.8 
 
 
615 aa  474  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0270  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.2 
 
 
615 aa  475  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.816269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.2 
 
 
615 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.64 
 
 
603 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3650  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.51 
 
 
615 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000258992  hitchhiker  0.00000000287243 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0308  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.19 
 
 
615 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.356078  normal  0.56487 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0635  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.61 
 
 
748 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000112896  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.53 
 
 
611 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1047  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.73 
 
 
657 aa  468  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.763377  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.61 
 
 
623 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0084  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.45 
 
 
623 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.32 
 
 
609 aa  464  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.22 
 
 
614 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.486098  normal  0.649708 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 
607 aa  462  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>