96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0173 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 255 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  98.04 
 
 		 255 aa  494  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  90.2 
 
 		 257 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  51.76 
 
 		 265 aa  261  8.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  53.41 
 
 		 271 aa  241  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  39.2 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  39.2 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  37.4 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  36.95 
 
 		 266 aa  142  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  37.05 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  37.59 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  35.66 
 
 		 271 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  33.82 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  34.34 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  32.73 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  36.29 
 
 		 256 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  38.79 
 
 		 256 aa  115  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  37.5 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  34.11 
 
 		 256 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  33.47 
 
 		 264 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  31.78 
 
 		 264 aa  105  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  29.77 
 
 		 272 aa  102  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  28.35 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  32.28 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  31.33 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  30.45 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  28.14 
 
 		 275 aa  99  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  28.52 
 
 		 275 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  32.81 
 
 		 283 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 253 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.06 
 
 		 253 aa  95.9  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  37.31 
 
 		 283 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  23.75 
 
 		 277 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  30.94 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  27.73 
 
 		 260 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  31.35 
 
 		 294 aa  89.4  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  29.63 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  28.69 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  32.91 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  32.91 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  28.8 
 
 		 260 aa  86.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  33.67 
 
 		 250 aa  85.9  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.09 
 
 		 252 aa  86.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.19 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  33.74 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  30.34 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  33.33 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  33.33 
 
 		 252 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  28.35 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  30.69 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  29.06 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  29.06 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  30.12 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  34.04 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  29.06 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  36.67 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  36.67 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  36 
 
 		 495 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  36 
 
 		 274 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  35.27 
 
 		 259 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  35.2 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  35.2 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  35.2 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  35.2 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  32.91 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  38.74 
 
 		 270 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  36.73 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  32.03 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  34.03 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  25.74 
 
 		 281 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  31.16 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  25.97 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  39.47 
 
 		 126 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  25.27 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  37.1 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  35.83 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  25.56 
 
 		 280 aa  55.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0389  putative transmembrane anti-sigma factor  27.76 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1488  putative transmembrane anti-sigma factor  27.44 
 
 		 276 aa  52.4  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0338  putative transmembrane anti-sigma factor  25.49 
 
 		 278 aa  49.7  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  47.37 
 
 		 307 aa  49.7  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  28.86 
 
 		 266 aa  49.3  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4687  putative anti-sigma factor  25.95 
 
 		 264 aa  48.9  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.139907  normal  0.0591052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1789  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  26.81 
 
 		 228 aa  48.9  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  45.83 
 
 		 274 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3821  putative transmembrane anti-sigma factor  27.17 
 
 		 255 aa  46.2  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563425 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  24.34 
 
 		 260 aa  46.2  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02866  transmembrane regulator protein PrtR  29.57 
 
 		 167 aa  45.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.822943  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1785  putative transmembrane anti-sigma factor  26.79 
 
 		 311 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1097  normal  0.379746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1649  putative transmembrane anti-sigma factor  33.85 
 
 		 256 aa  43.9  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0261743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1369  putative transmembrane anti-sigma factor  33.85 
 
 		 256 aa  43.9  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1375  hypothetical protein  33.85 
 
 		 266 aa  43.5  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018937 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2379  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  25.79 
 
 		 271 aa  43.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0910  putative transmembrane anti-sigma factor  28.46 
 
 		 322 aa  42.4  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.194981 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1898  putative transmembrane anti-sigma factor  28.57 
 
 		 297 aa  42  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.307519  hitchhiker  0.000000565646 
 
 
-
 
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  30.89 
 
 		 276 aa  42  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>