77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2549 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  550  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  58.03 
 
 		 271 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  52.08 
 
 		 279 aa  247  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  53.82 
 
 		 294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  53.79 
 
 		 279 aa  242  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  51.7 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  39.93 
 
 		 264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  43.24 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  39.43 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  38.55 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  40.07 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  35.21 
 
 		 266 aa  155  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  31.87 
 
 		 277 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  35.21 
 
 		 266 aa  155  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  52.41 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  36.36 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  33.21 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  36 
 
 		 260 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.33 
 
 		 275 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  34.47 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  38.83 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  33.95 
 
 		 268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  36.09 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  36.19 
 
 		 253 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  36.36 
 
 		 259 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  34.43 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  32.71 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  32.87 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  36.22 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  33.09 
 
 		 266 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  37.46 
 
 		 274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  31.83 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  33.08 
 
 		 256 aa  125  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  35.82 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  33.71 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  36.99 
 
 		 259 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  36.58 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  36.33 
 
 		 274 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  36.5 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  37.5 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  37.01 
 
 		 259 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  28.25 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  35.27 
 
 		 261 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  29.63 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  35.23 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  36.12 
 
 		 495 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  36.12 
 
 		 274 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  36.51 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  35.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  35.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  35.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  45.3 
 
 		 126 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  29.84 
 
 		 257 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  27.48 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  28.23 
 
 		 255 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  24.91 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  23.91 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  26.72 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  27.57 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  27.57 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  28.21 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  29.18 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  29.18 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  29.18 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  27.6 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  27.6 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  27.6 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  24.33 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  27.6 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  27.16 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  28.86 
 
 		 253 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  27.42 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  27.13 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  24.21 
 
 		 283 aa  54.3  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  23.42 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1422  putative transmembrane anti-sigma factor  22.63 
 
 		 276 aa  45.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000152336 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  24.47 
 
 		 266 aa  42.7  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>