86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4979 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 
275 aa  569  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  97.45 
 
 
275 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  73.74 
 
 
277 aa  434  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  39.85 
 
 
264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  37.54 
 
 
277 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  39.77 
 
 
253 aa  159  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  35.66 
 
 
271 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  36.03 
 
 
256 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  33.21 
 
 
272 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  34.8 
 
 
266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  34.8 
 
 
266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  34.66 
 
 
260 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  33.7 
 
 
259 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.38 
 
 
277 aa  138  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  33.77 
 
 
286 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  33.77 
 
 
286 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  33.59 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  35.74 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  32 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  33.46 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  32.37 
 
 
279 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  30.37 
 
 
265 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  35.66 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  36.84 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  33.21 
 
 
268 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  32.37 
 
 
279 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  30.51 
 
 
269 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  33.58 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  33.92 
 
 
286 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  32.99 
 
 
283 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  32.75 
 
 
274 aa  113  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  33.82 
 
 
256 aa  112  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  30.91 
 
 
260 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  40.43 
 
 
283 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  30.42 
 
 
253 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.91 
 
 
260 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  35.27 
 
 
274 aa  102  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  29.59 
 
 
274 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  39.26 
 
 
270 aa  99.8  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  30.8 
 
 
274 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  37.04 
 
 
274 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  37.04 
 
 
274 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  37.04 
 
 
274 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  30.66 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  27.57 
 
 
271 aa  93.6  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  36.3 
 
 
495 aa  92.4  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  36.3 
 
 
274 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  31.01 
 
 
260 aa  92  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  32.45 
 
 
259 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  28.9 
 
 
255 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  28.57 
 
 
257 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  28.14 
 
 
255 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  31.66 
 
 
260 aa  85.9  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  31.58 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  25.8 
 
 
281 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  36.75 
 
 
126 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  30.86 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  24.43 
 
 
275 aa  65.9  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  23.61 
 
 
280 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0401  putative transmembrane anti-sigma factor  24.03 
 
 
267 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.489246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0433  putative transmembrane anti-sigma factor  24.39 
 
 
267 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  29.08 
 
 
252 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  25.5 
 
 
250 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  30.36 
 
 
252 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  30.36 
 
 
252 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  28.35 
 
 
253 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  29.96 
 
 
252 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  23.05 
 
 
283 aa  56.2  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  31.84 
 
 
253 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  29.04 
 
 
257 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  31.43 
 
 
253 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  26.52 
 
 
274 aa  53.1  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  30.12 
 
 
252 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  29.84 
 
 
252 aa  52.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  29.84 
 
 
252 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  28.23 
 
 
250 aa  51.6  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4456  putative transmembrane anti-sigma factor  26.02 
 
 
252 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2155  hypothetical protein  33.33 
 
 
234 aa  48.5  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4981  putative transmembrane anti-sigma factor  38.1 
 
 
240 aa  46.6  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0714107 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  29.1 
 
 
253 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2740  hypothetical protein  32.43 
 
 
447 aa  45.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.11391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3973  putative transmembrane anti-sigma factor  26.87 
 
 
251 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323006  normal  0.293955 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1670  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  38.71 
 
 
240 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.2145 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0171  hypothetical protein  29.06 
 
 
256 aa  43.5  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.471424  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2886  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  22.52 
 
 
252 aa  43.5  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.887162  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4687  putative anti-sigma factor  23.44 
 
 
264 aa  42.4  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.139907  normal  0.0591052 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>