90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5401 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  100 
 
 		 271 aa  549  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  76.86 
 
 		 265 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  50.6 
 
 		 255 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  50.6 
 
 		 255 aa  235  7e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  53.01 
 
 		 257 aa  225  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  35.14 
 
 		 266 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  35.14 
 
 		 266 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  37.07 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  34.11 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  35.97 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.2 
 
 		 253 aa  125  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  36.55 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  32.05 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  34.07 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  30.13 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  30.74 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  31.52 
 
 		 286 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  31.88 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  30.86 
 
 		 271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  30.15 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  34.87 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  31.44 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  28.04 
 
 		 269 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  29.41 
 
 		 275 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  33.06 
 
 		 256 aa  108  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  30.92 
 
 		 264 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  28.68 
 
 		 275 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  31.78 
 
 		 253 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  29.07 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  29.53 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  29.92 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  30.15 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  29.53 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  29.13 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  29.8 
 
 		 256 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  29.52 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  32.22 
 
 		 250 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  33.17 
 
 		 253 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  31.28 
 
 		 253 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  26.97 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  31.8 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  32.95 
 
 		 260 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  24.91 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  32.13 
 
 		 286 aa  93.2  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  28.4 
 
 		 259 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  33.33 
 
 		 283 aa  92.4  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  33.67 
 
 		 250 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  30.51 
 
 		 283 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 274 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  33.67 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  32.92 
 
 		 259 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  33.17 
 
 		 252 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  33.17 
 
 		 252 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  29.61 
 
 		 279 aa  86.3  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  30.04 
 
 		 250 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  32.51 
 
 		 260 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  30.83 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  32.64 
 
 		 250 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  29.18 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  32.92 
 
 		 259 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  29.46 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  31.67 
 
 		 261 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  29.84 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  29.72 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  30.23 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  30.23 
 
 		 495 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  29.84 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  29.84 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  29.84 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 126 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  30.2 
 
 		 270 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  27.17 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  36.54 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  24.46 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  36.54 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  23.48 
 
 		 275 aa  53.1  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  23.44 
 
 		 280 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7160  putative transmembrane anti-sigma factor  24.06 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494902  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1369  putative transmembrane anti-sigma factor  39.51 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1375  hypothetical protein  38.27 
 
 		 266 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018937 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1649  putative transmembrane anti-sigma factor  38.27 
 
 		 256 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0261743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5142  putative transmembrane anti-sigma factor  25.95 
 
 		 260 aa  48.9  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.562038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  40.32 
 
 		 307 aa  48.5  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  46.15 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  28.31 
 
 		 276 aa  47.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3821  putative transmembrane anti-sigma factor  42.19 
 
 		 255 aa  45.8  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563425 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3094  putative transmembrane anti-sigma factor  42.19 
 
 		 255 aa  45.8  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334579  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  40 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3927  putative transmembrane anti-sigma factor  35.58 
 
 		 255 aa  43.9  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.771731 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3672  hypothetical protein  41.94 
 
 		 255 aa  43.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.671386 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>