88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1998 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 
269 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  50 
 
 
260 aa  265  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  49.43 
 
 
260 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  50.76 
 
 
260 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  37.74 
 
 
271 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  39.92 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  34.47 
 
 
272 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  35.64 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  35.09 
 
 
266 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  35.09 
 
 
266 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  33.08 
 
 
279 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  36.15 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  35.04 
 
 
277 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  35.77 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  35.93 
 
 
259 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  33.08 
 
 
279 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  35.74 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  34.31 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  34.8 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  36.92 
 
 
283 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  33.83 
 
 
256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  33.21 
 
 
286 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  35.9 
 
 
286 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  34.62 
 
 
283 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  35.82 
 
 
268 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  33.57 
 
 
275 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  36.11 
 
 
253 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  34.51 
 
 
275 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  34.31 
 
 
277 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  35.71 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  27.55 
 
 
265 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  44.96 
 
 
279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  28.47 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  28.04 
 
 
271 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  35 
 
 
274 aa  109  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  36.33 
 
 
274 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  35.27 
 
 
266 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  29.84 
 
 
257 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  32.71 
 
 
270 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  26.32 
 
 
255 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  25.94 
 
 
255 aa  94  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  29.37 
 
 
274 aa  89.7  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  32.66 
 
 
260 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.88 
 
 
260 aa  86.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  32.26 
 
 
259 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  30.29 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  31.54 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  30.95 
 
 
274 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  29.76 
 
 
274 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  29.76 
 
 
495 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  29.37 
 
 
274 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  29.37 
 
 
274 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  29.37 
 
 
274 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  31.5 
 
 
260 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.97 
 
 
252 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  32.79 
 
 
252 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  32.79 
 
 
252 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  30.12 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  32.79 
 
 
252 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  34.78 
 
 
126 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  30.85 
 
 
250 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  31.54 
 
 
253 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  31.12 
 
 
253 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  28.46 
 
 
250 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  29.35 
 
 
253 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  31.55 
 
 
252 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  31.55 
 
 
252 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  31.07 
 
 
252 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  24.52 
 
 
275 aa  55.5  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0433  putative transmembrane anti-sigma factor  25.09 
 
 
267 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  29.7 
 
 
250 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  21.6 
 
 
281 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  30.2 
 
 
266 aa  49.3  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  23.58 
 
 
280 aa  49.3  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0401  putative transmembrane anti-sigma factor  27.17 
 
 
267 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.489246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  46 
 
 
250 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  26.13 
 
 
276 aa  45.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  37.93 
 
 
307 aa  44.3  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  25.64 
 
 
253 aa  44.3  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  23.49 
 
 
274 aa  43.5  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0596  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.21 
 
 
266 aa  43.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.690424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1812  putative transmembrane anti-sigma factor  43.4 
 
 
301 aa  42.7  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.777601  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4787  putative transmembrane anti-sigma factor  41.82 
 
 
253 aa  42.7  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755024  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1789  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.82 
 
 
228 aa  42.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  23.83 
 
 
257 aa  42.7  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  25.2 
 
 
255 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4456  putative transmembrane anti-sigma factor  24.07 
 
 
252 aa  42.4  0.009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1784  putative transmembrane anti-sigma factor  43.4 
 
 
300 aa  42  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>