83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3785 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 274 aa  522  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  45.52 
 
 		 271 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  48.39 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  43.12 
 
 		 253 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  43.97 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  40.91 
 
 		 272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  43.37 
 
 		 279 aa  162  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  40.82 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  35.89 
 
 		 275 aa  149  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.19 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  38.18 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  38.18 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  37.73 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  40.34 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  36.9 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  41.43 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  38.19 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  37.92 
 
 		 259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  37.99 
 
 		 264 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  32.87 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  36.07 
 
 		 269 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  38.6 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  37.07 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  34.62 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  36.13 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  33.92 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  39.93 
 
 		 256 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  34.94 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  35.13 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  35.13 
 
 		 268 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  35.27 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  33.45 
 
 		 265 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.93 
 
 		 271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  37.32 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  32.37 
 
 		 260 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  34.98 
 
 		 260 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  34.39 
 
 		 286 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  37.64 
 
 		 270 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  36.63 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  36.63 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  33.22 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  32.86 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  33.46 
 
 		 259 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  36.63 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  36.63 
 
 		 495 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  36.26 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  36.26 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  36.26 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  31.85 
 
 		 261 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  30.12 
 
 		 250 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  32.59 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  31.25 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  33.69 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  31.65 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  30.88 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.99 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  29.59 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  38.97 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  30.89 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  30.12 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  30.12 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  30.8 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  30.8 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  30.77 
 
 		 253 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  34.43 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  34.8 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  34.43 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  28.46 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  28.46 
 
 		 250 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  28.17 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  29.88 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  24.54 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  29.37 
 
 		 250 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  26.52 
 
 		 281 aa  52.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  25.78 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  29.63 
 
 		 280 aa  49.3  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7160  putative transmembrane anti-sigma factor  24.61 
 
 		 255 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494902  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0338  putative transmembrane anti-sigma factor  28.21 
 
 		 278 aa  45.4  0.0009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  38.1 
 
 		 307 aa  44.3  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4456  putative transmembrane anti-sigma factor  27.74 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00667  hypothetical protein  40.58 
 
 		 247 aa  43.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3973  putative transmembrane anti-sigma factor  28.57 
 
 		 251 aa  43.5  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323006  normal  0.293955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 259 aa  42  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>