73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0009 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 253 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  98.02 
 
 		 253 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  86.45 
 
 		 252 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  86.45 
 
 		 252 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  86.45 
 
 		 252 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  86.45 
 
 		 252 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  86.56 
 
 		 253 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  66.53 
 
 		 250 aa  298  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  65.2 
 
 		 252 aa  279  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  64.8 
 
 		 252 aa  278  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  65.32 
 
 		 252 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  48.1 
 
 		 250 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  38.8 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  38.4 
 
 		 250 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  37.3 
 
 		 250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  38.8 
 
 		 250 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  31.78 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  37.13 
 
 		 266 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  37.13 
 
 		 266 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  39.15 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  32.54 
 
 		 277 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  32.27 
 
 		 268 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  34.92 
 
 		 256 aa  92  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  33.02 
 
 		 277 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  33.08 
 
 		 286 aa  89.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  32.19 
 
 		 259 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  30.13 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  31.54 
 
 		 286 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  27.91 
 
 		 271 aa  85.5  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  30.52 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  36.08 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.98 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  30.56 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  31.67 
 
 		 269 aa  75.5  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  25.81 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  30.52 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  31.6 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  31.64 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  28.29 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  31.73 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  27.13 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  30.13 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  31.07 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02866  transmembrane regulator protein PrtR  34.04 
 
 		 167 aa  62  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.822943  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  29.41 
 
 		 255 aa  62  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  26.89 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  30.1 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  31.43 
 
 		 275 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.05 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  27.39 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  28.35 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  27.56 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  28.57 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  26.96 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  27.43 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  27.56 
 
 		 261 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  42.86 
 
 		 307 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  26.96 
 
 		 259 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  28.06 
 
 		 283 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  29.37 
 
 		 283 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  26.89 
 
 		 279 aa  48.9  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  29.41 
 
 		 255 aa  48.9  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  22.92 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  33.91 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  28.03 
 
 		 279 aa  48.5  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  28.95 
 
 		 260 aa  45.8  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  30.19 
 
 		 259 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  28.16 
 
 		 274 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3821  putative transmembrane anti-sigma factor  28.9 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  30.99 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  30.43 
 
 		 126 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3094  putative transmembrane anti-sigma factor  29.36 
 
 		 255 aa  42.7  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334579  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  27.56 
 
 		 270 aa  42  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>