95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3279 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  100 
 
 
277 aa  546  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  66.67 
 
 
277 aa  338  5e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  50.91 
 
 
286 aa  241  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  50.55 
 
 
286 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  49.26 
 
 
286 aa  217  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  42.24 
 
 
266 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  42.24 
 
 
266 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  39.93 
 
 
271 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  42.16 
 
 
253 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  38.27 
 
 
260 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  36.36 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  42.96 
 
 
256 aa  148  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  37.18 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  40 
 
 
256 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  35.38 
 
 
275 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  39.78 
 
 
260 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  37.32 
 
 
256 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.38 
 
 
275 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  34.93 
 
 
260 aa  141  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  35.04 
 
 
265 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  36.92 
 
 
259 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  36.53 
 
 
264 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  37.55 
 
 
279 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  38.69 
 
 
266 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  38.65 
 
 
294 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  38.24 
 
 
268 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  37 
 
 
279 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  35.87 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  31.07 
 
 
277 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  34.31 
 
 
269 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  39.07 
 
 
274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  37.31 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  45.14 
 
 
283 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  34.18 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  35.32 
 
 
257 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  33.21 
 
 
255 aa  106  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.69 
 
 
271 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  37.02 
 
 
274 aa  105  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  34.19 
 
 
253 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  32.45 
 
 
255 aa  102  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  33.58 
 
 
252 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  33.58 
 
 
252 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  33.58 
 
 
252 aa  98.6  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.21 
 
 
252 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  32.67 
 
 
253 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  42.36 
 
 
274 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  33.04 
 
 
275 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.02 
 
 
260 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  33.45 
 
 
253 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  34.23 
 
 
259 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  34.23 
 
 
260 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  32.27 
 
 
253 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  29.92 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  30.45 
 
 
281 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  40.15 
 
 
274 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  40.15 
 
 
495 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  33.2 
 
 
259 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  30.86 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  38.57 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  38.57 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  38.57 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  38.57 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  33.46 
 
 
261 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  34.47 
 
 
270 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  34.38 
 
 
260 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  31.64 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  30.71 
 
 
280 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  31.64 
 
 
252 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  31.25 
 
 
252 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  32.68 
 
 
250 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  30.88 
 
 
252 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  36.89 
 
 
126 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  32.3 
 
 
250 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  32.68 
 
 
250 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  33.33 
 
 
266 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  25 
 
 
260 aa  52.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  39.6 
 
 
276 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  40.3 
 
 
283 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4687  putative anti-sigma factor  25.51 
 
 
264 aa  49.7  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.139907  normal  0.0591052 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  40.68 
 
 
307 aa  49.3  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  52.94 
 
 
257 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4787  putative transmembrane anti-sigma factor  40 
 
 
253 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755024  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  22.14 
 
 
253 aa  47  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3162  putative transmembrane anti-sigma factor  32.56 
 
 
300 aa  44.7  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0817681  normal  0.182433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3973  putative transmembrane anti-sigma factor  63.89 
 
 
251 aa  45.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323006  normal  0.293955 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  26.73 
 
 
255 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  49.02 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02866  transmembrane regulator protein PrtR  29.17 
 
 
167 aa  43.9  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.822943  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1488  putative transmembrane anti-sigma factor  26.22 
 
 
276 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2178  hypothetical protein  36.28 
 
 
327 aa  42.7  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0787  putative transmembrane anti-sigma factor  35.71 
 
 
274 aa  42.7  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353993  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1789  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.77 
 
 
228 aa  42.7  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3672  hypothetical protein  60.98 
 
 
255 aa  42.7  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.671386 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1369  putative transmembrane anti-sigma factor  43.08 
 
 
256 aa  42  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1422  putative transmembrane anti-sigma factor  28.77 
 
 
276 aa  42  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000152336 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>