More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01803 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01803  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 175 aa  363  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.290119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  60.59 
 
 		 324 aa  238  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 311 aa  177  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  46.25 
 
 		 311 aa  166  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 211 aa  163  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  48.23 
 
 		 302 aa  163  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 320 aa  149  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 308 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  137  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 		 308 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 308 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 310 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 307 aa  135  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 309 aa  131  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  43.05 
 
 		 307 aa  130  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 308 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 309 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 300 aa  124  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 304 aa  123  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 323 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 319 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 313 aa  111  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  40.14 
 
 		 299 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 310 aa  109  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 302 aa  104  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  36.22 
 
 		 307 aa  103  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 299 aa  100  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  35.16 
 
 		 309 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 304 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 354 aa  97.1  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 318 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  97.1  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 301 aa  96.3  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 306 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 304 aa  95.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 304 aa  94.4  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 		 306 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 309 aa  92  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 302 aa  92.4  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  91.7  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 311 aa  90.9  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.17 
 
 		 311 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 304 aa  88.6  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.48 
 
 		 307 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 321 aa  88.2  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 303 aa  88.2  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 311 aa  87.8  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 303 aa  87.8  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 303 aa  87.8  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 303 aa  87.4  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  42.39 
 
 		 307 aa  87  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 323 aa  87  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 299 aa  86.7  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 303 aa  86.3  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 307 aa  86.3  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 303 aa  85.5  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 303 aa  85.5  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 307 aa  85.9  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 303 aa  85.5  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 314 aa  85.9  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 299 aa  85.5  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  29.13 
 
 		 302 aa  85.1  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 301 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 300 aa  85.1  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 309 aa  84.7  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 303 aa  84.3  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  32.39 
 
 		 319 aa  84.3  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  28.68 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  41.41 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  82.4  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  30.5 
 
 		 309 aa  82  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 303 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 309 aa  81.6  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3238  transcriptional regulator, truncation  40.4 
 
 		 149 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.214454  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 347 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 300 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 320 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>