More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A3238 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.33 
 
 
310 aa  312  9e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  99.33 
 
 
310 aa  312  9e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  99.33 
 
 
310 aa  312  9e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  99.33 
 
 
310 aa  312  9e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  99.33 
 
 
310 aa  312  9e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  99.33 
 
 
310 aa  312  9e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  98.66 
 
 
310 aa  311  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3238  transcriptional regulator, truncation  100 
 
 
149 aa  309  9e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.214454  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  59.7 
 
 
321 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  61.07 
 
 
304 aa  166  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.71 
 
 
313 aa  162  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  55.71 
 
 
313 aa  162  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 
313 aa  162  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  54.89 
 
 
342 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 
326 aa  158  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
318 aa  155  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  55.73 
 
 
301 aa  154  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 
313 aa  154  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
305 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 
307 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 
303 aa  151  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  50.76 
 
 
335 aa  152  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.96 
 
 
304 aa  152  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
307 aa  151  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
307 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  51.15 
 
 
307 aa  151  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
307 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  51.15 
 
 
330 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
300 aa  149  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
305 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
305 aa  146  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
305 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
305 aa  146  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
305 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 
305 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
307 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 
335 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  46.04 
 
 
321 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  46.04 
 
 
321 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  46.04 
 
 
321 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  50.38 
 
 
318 aa  142  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  46.04 
 
 
321 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  50.38 
 
 
318 aa  141  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 
301 aa  139  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 
314 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
307 aa  133  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  44.2 
 
 
308 aa  133  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
302 aa  129  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
315 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
315 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
306 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
306 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
306 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  46.97 
 
 
306 aa  126  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
306 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.51 
 
 
319 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
310 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
306 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  43.48 
 
 
306 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
297 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
308 aa  124  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
309 aa  124  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
305 aa  123  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
311 aa  123  9e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
320 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
304 aa  122  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 
304 aa  122  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
309 aa  122  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
313 aa  121  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
307 aa  120  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 
303 aa  120  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 
300 aa  120  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
311 aa  118  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
303 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
318 aa  117  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  44.76 
 
 
276 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
347 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
311 aa  115  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
308 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
307 aa  112  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
338 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
360 aa  110  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  43.36 
 
 
274 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 
320 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
308 aa  108  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
301 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
308 aa  106  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  41.23 
 
 
301 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
304 aa  104  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
307 aa  104  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
314 aa  99.8  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
324 aa  98.6  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  42.73 
 
 
310 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>