More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2447 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  78.67 
 
 		 440 aa  685    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  76.03 
 
 		 441 aa  680    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  79.05 
 
 		 435 aa  695    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 434 aa  886    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  98.15 
 
 		 434 aa  868    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  72.24 
 
 		 448 aa  617  1e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  71.8 
 
 		 435 aa  611  9.999999999999999e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  64.81 
 
 		 432 aa  555  1e-157  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  56.65 
 
 		 443 aa  498  1e-140  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  54.31 
 
 		 445 aa  472  1e-132  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  52.85 
 
 		 447 aa  473  1e-132  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  54.88 
 
 		 459 aa  462  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  53.81 
 
 		 439 aa  462  1e-129  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  54.27 
 
 		 447 aa  459  9.999999999999999e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  54.87 
 
 		 451 aa  459  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0323  AAA ATPase central domain protein  55.07 
 
 		 458 aa  457  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  54.04 
 
 		 505 aa  457  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  53.97 
 
 		 463 aa  457  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  52.55 
 
 		 457 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  53.33 
 
 		 447 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  53.18 
 
 		 485 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  53.47 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  55.33 
 
 		 423 aa  448  1e-125  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  52.78 
 
 		 457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0767  recombination factor protein RarA  56.58 
 
 		 437 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.764171  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  52.06 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1656  recombination factor protein RarA  53.15 
 
 		 441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000573735  hitchhiker  0.00861976 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  52.48 
 
 		 444 aa  446  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  53.18 
 
 		 432 aa  446  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0767  recombination factor protein RarA  56.58 
 
 		 437 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  53.38 
 
 		 447 aa  447  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0537  AAA ATPase central domain protein  52.76 
 
 		 432 aa  447  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0774  recombination factor protein RarA  57.6 
 
 		 444 aa  441  1e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0591315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0730  recombination factor protein RarA  56.58 
 
 		 437 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.44453  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2041  recombination factor protein RarA  53.52 
 
 		 435 aa  442  1e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0953  recombination factor protein RarA  54.27 
 
 		 446 aa  442  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3121  recombination factor protein RarA  53.94 
 
 		 459 aa  441  9.999999999999999e-123  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0192623  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0626  recombination factor protein RarA  53.36 
 
 		 453 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432966  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  52.93 
 
 		 447 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1936  recombination factor protein RarA  51.76 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0016  recombination factor protein RarA  51.27 
 
 		 441 aa  432  1e-120  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.901386  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0112  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  51.86 
 
 		 739 aa  432  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3583  recombination factor protein RarA  52.01 
 
 		 437 aa  434  1e-120  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000174356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  49.41 
 
 		 445 aa  429  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1076  recombination factor protein RarA  48.94 
 
 		 544 aa  427  1e-118  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2743  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  51.8 
 
 		 731 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0502  recombination factor protein RarA  51.03 
 
 		 444 aa  428  1e-118  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0383176  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  54.85 
 
 		 429 aa  428  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  51.45 
 
 		 461 aa  425  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_002950  PG1103  recombination factor protein RarA  51.17 
 
 		 434 aa  422  1e-117  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0836  recombination factor protein RarA  54.25 
 
 		 449 aa  424  1e-117  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1103  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  51.54 
 
 		 726 aa  422  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000432194  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1440  recombination factor protein RarA  52 
 
 		 426 aa  424  1e-117  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 444 aa  423  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0184  AAA ATPase central domain protein  52.11 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  49.05 
 
 		 443 aa  420  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  50.82 
 
 		 440 aa  419  1e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  51.05 
 
 		 440 aa  421  1e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  49.88 
 
 		 443 aa  421  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1061  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 441 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.327503  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05640  putative ATPase, AAA family protein  51.9 
 
 		 425 aa  417  9.999999999999999e-116  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.721032  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  49.16 
 
 		 445 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  49.64 
 
 		 443 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1618  recombination factor protein RarA  53.22 
 
 		 445 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2590  recombination factor protein RarA  53.43 
 
 		 422 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000937072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  48.92 
 
 		 443 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0463  recombination factor protein RarA  48.62 
 
 		 440 aa  418  9.999999999999999e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000023762  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  52.14 
 
 		 435 aa  414  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  48.57 
 
 		 443 aa  415  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06123  recombination factor protein RarA  48.04 
 
 		 458 aa  411  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0732  recombination factor protein RarA  51.98 
 
 		 457 aa  412  1e-114  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  50.92 
 
 		 435 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  51.56 
 
 		 441 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  48.68 
 
 		 443 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01043  recombination factor protein RarA  48.04 
 
 		 458 aa  411  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.289676  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  53.7 
 
 		 451 aa  412  1e-114  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1936  recombination factor protein RarA  49.41 
 
 		 453 aa  415  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.980875  normal  0.481513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  48.68 
 
 		 443 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  51.32 
 
 		 441 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  48.92 
 
 		 443 aa  415  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  49.88 
 
 		 442 aa  414  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3209  recombination factor protein RarA  50.58 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.411759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0420  AAA ATPase central domain protein  49.88 
 
 		 423 aa  410  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  50.35 
 
 		 440 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  51.04 
 
 		 430 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3797  recombination factor protein RarA  52.04 
 
 		 427 aa  410  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  48.44 
 
 		 443 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  48.44 
 
 		 443 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2405  recombination factor protein RarA  50.36 
 
 		 420 aa  410  1e-113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  48.44 
 
 		 443 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  48.44 
 
 		 443 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1429  recombination factor protein RarA  48.73 
 
 		 438 aa  410  1e-113  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.530617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  51.45 
 
 		 441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  48.02 
 
 		 447 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1393  recombination factor protein RarA  51.54 
 
 		 427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  51.45 
 
 		 441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0027  AAA ATPase central domain protein  51.53 
 
 		 459 aa  407  1.0000000000000001e-112  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.797145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2713  recombination factor protein RarA  52.01 
 
 		 442 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  49.16 
 
 		 443 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  47.98 
 
 		 443 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>