More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0192 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0192  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 583 aa  1195    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.341004 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1060  type I restriction-modification  53.34 
 
 		 675 aa  621  1e-176  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000030221  normal  0.0378969 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0488  N-6 DNA methylase  51.97 
 
 		 580 aa  609  1e-173  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.19026 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1857  N-6 DNA methylase  50.08 
 
 		 611 aa  598  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.618647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19060  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  46.71 
 
 		 586 aa  532  1e-150  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0947092 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4916  N-6 DNA methylase  46.34 
 
 		 607 aa  523  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  0.660274 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1495  N-6 DNA methylase  56.78 
 
 		 661 aa  524  1e-147  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.304059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0604  type I restriction-modification system, M subunit; N-6 adenine-specific DNA methylase  43.24 
 
 		 655 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0276  N-6 DNA methylase  44.86 
 
 		 569 aa  499  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  50.85 
 
 		 663 aa  487  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0684916  normal  0.490543 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1550  N-6 DNA methylase  50.83 
 
 		 673 aa  483  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.677514 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3442  N-6 DNA methylase  43.73 
 
 		 592 aa  480  1e-134  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  0.982345 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1155  N-6 DNA methylase  50.42 
 
 		 659 aa  473  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22800  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  42.13 
 
 		 644 aa  474  1e-132  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.386245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2608  N-6 DNA methylase  40.78 
 
 		 683 aa  474  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.648611  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3935  N-6 DNA methylase  49.79 
 
 		 676 aa  474  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3984  N-6 DNA methylase  49.79 
 
 		 676 aa  474  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.604067  normal  0.0238771 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0234  N-6 DNA methylase  49.36 
 
 		 661 aa  474  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0075  N-6 DNA methylase  49.58 
 
 		 658 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0413  N-6 DNA methylase  47.11 
 
 		 661 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.190573  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0263  N-6 DNA methylase  43.41 
 
 		 589 aa  467  9.999999999999999e-131  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  48.29 
 
 		 673 aa  465  1e-129  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1328  N-6 DNA methylase  45.02 
 
 		 806 aa  462  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.909053  normal  0.133174 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1480  N-6 DNA methylase  46.81 
 
 		 777 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2687  N-6 DNA methylase  48.63 
 
 		 661 aa  457  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.965628  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1016  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  48 
 
 		 680 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4253  N-6 DNA methylase  45.92 
 
 		 708 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2604  N-6 DNA methylase  44.42 
 
 		 728 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.205723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0841  hypothetical protein  41.98 
 
 		 608 aa  438  1e-121  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0027333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1792  N-6 DNA methylase  44.27 
 
 		 725 aa  437  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0174866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  45.33 
 
 		 670 aa  436  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0641  N-6 DNA methylase  43.19 
 
 		 587 aa  437  1e-121  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2680  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  46.15 
 
 		 676 aa  431  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.558636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4760  type I restriction-modification system DNA methylase  46.07 
 
 		 659 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.362482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  45.45 
 
 		 709 aa  413  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3570  N-6 DNA methylase  39.39 
 
 		 647 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0751  N-6 DNA methylase  44.86 
 
 		 686 aa  393  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.309292 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2868  type I restriction-modification system DNA methylase  44.74 
 
 		 675 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0465984  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4454  N-6 DNA methylase  45.08 
 
 		 675 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0776  type I restriction-modification system, M subunit  37.05 
 
 		 636 aa  383  1e-105  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0115537  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1222  N-6 DNA methylase  41.06 
 
 		 552 aa  380  1e-104  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  38.2 
 
 		 799 aa  378  1e-103  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4473  N-6 DNA methylase  37.01 
 
 		 677 aa  376  1e-103  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.1025 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2201  N-6 DNA methylase  42.21 
 
 		 778 aa  363  4e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0278  type I restriction-modification system, M subunit  42.38 
 
 		 790 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1367  putative DNA methylase HsdM  39.85 
 
 		 793 aa  347  4e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1861  type I restriction-modification system specificity subunit  40.08 
 
 		 710 aa  345  1e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003234  type I restriction-modification system DNA-methyltransferase subunit M  40.04 
 
 		 794 aa  343  4e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2177  N-6 DNA methylase  40.16 
 
 		 793 aa  343  4e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0657  N-6 DNA methylase  35.8 
 
 		 725 aa  340  5e-92  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2269  type I restriction-modification system DNA methylase  40.33 
 
 		 763 aa  336  7e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2941  restriction/modification methyltransferase  38.4 
 
 		 783 aa  334  3e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1782  N-6 DNA methylase  37.95 
 
 		 829 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.368234 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6258  N-6 DNA methylase  38.36 
 
 		 787 aa  325  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1517  N-6 DNA methylase  38.73 
 
 		 691 aa  322  8e-87  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.140297 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2256  N-6 DNA methylase  52.46 
 
 		 316 aa  302  1e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0633793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2227  N-6 DNA methylase  53.93 
 
 		 371 aa  210  5e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1365  N-6 DNA methylase  30.8 
 
 		 697 aa  178  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.518057  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  28.36 
 
 		 495 aa  177  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  28.37 
 
 		 496 aa  173  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  28.11 
 
 		 498 aa  172  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  30.15 
 
 		 574 aa  170  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  29.32 
 
 		 500 aa  170  8e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  31 
 
 		 587 aa  169  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  29.48 
 
 		 574 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  29.18 
 
 		 574 aa  168  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  29.53 
 
 		 633 aa  166  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3989  N-6 DNA methylase  54.42 
 
 		 356 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  28.57 
 
 		 498 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  32.51 
 
 		 585 aa  157  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  27.5 
 
 		 494 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  27.99 
 
 		 822 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  29.42 
 
 		 523 aa  155  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  29.42 
 
 		 508 aa  155  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  27.36 
 
 		 522 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  26.82 
 
 		 505 aa  153  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  27.66 
 
 		 527 aa  151  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  26.67 
 
 		 501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  27.83 
 
 		 504 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  28.06 
 
 		 495 aa  145  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  27.61 
 
 		 499 aa  144  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  27.56 
 
 		 799 aa  144  6e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  27.29 
 
 		 810 aa  143  9e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  25.97 
 
 		 499 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2248  N-6 DNA methylase  26.85 
 
 		 521 aa  142  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  26.93 
 
 		 808 aa  141  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  27.83 
 
 		 505 aa  140  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  26.24 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  25.97 
 
 		 810 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  25.34 
 
 		 501 aa  138  4e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.67 
 
 		 538 aa  137  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1120  type I restriction-modification system specificity subunit  26.07 
 
 		 527 aa  137  7.000000000000001e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.57 
 
 		 503 aa  136  9.999999999999999e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  28.38 
 
 		 568 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  24.72 
 
 		 501 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  25.05 
 
 		 511 aa  135  1.9999999999999998e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  26.23 
 
 		 814 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  26.95 
 
 		 517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  25.32 
 
 		 814 aa  135  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  29.33 
 
 		 504 aa  134  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>