More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003234 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_6258  N-6 DNA methylase  67.55 
 
 		 787 aa  1090    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2201  N-6 DNA methylase  46.01 
 
 		 778 aa  678    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003234  type I restriction-modification system DNA-methyltransferase subunit M  100 
 
 		 794 aa  1638    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1367  putative DNA methylase HsdM  95.44 
 
 		 793 aa  1548    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2941  restriction/modification methyltransferase  67.85 
 
 		 783 aa  1107    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1782  N-6 DNA methylase  76.29 
 
 		 829 aa  1261    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.368234 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2177  N-6 DNA methylase  45.3 
 
 		 793 aa  631  1e-179  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0278  type I restriction-modification system, M subunit  45.77 
 
 		 790 aa  620  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2269  type I restriction-modification system DNA methylase  44.74 
 
 		 763 aa  610  1e-173  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1861  type I restriction-modification system specificity subunit  43.77 
 
 		 710 aa  598  1e-169  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4473  N-6 DNA methylase  43.54 
 
 		 677 aa  566  1e-160  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.1025 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1328  N-6 DNA methylase  37.07 
 
 		 806 aa  513  1e-144  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.909053  normal  0.133174 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1016  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  39.77 
 
 		 680 aa  508  9.999999999999999e-143  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0657  N-6 DNA methylase  40.27 
 
 		 725 aa  505  1e-141  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3984  N-6 DNA methylase  39.49 
 
 		 676 aa  494  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.604067  normal  0.0238771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3935  N-6 DNA methylase  39.24 
 
 		 676 aa  489  1e-137  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3570  N-6 DNA methylase  50.67 
 
 		 647 aa  486  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0841  hypothetical protein  52.41 
 
 		 608 aa  483  1e-135  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0027333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4253  N-6 DNA methylase  36.88 
 
 		 708 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0776  type I restriction-modification system, M subunit  50.19 
 
 		 636 aa  471  1.0000000000000001e-131  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0115537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1480  N-6 DNA methylase  35.56 
 
 		 777 aa  465  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  37.68 
 
 		 673 aa  458  1e-127  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0075  N-6 DNA methylase  35.55 
 
 		 658 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1155  N-6 DNA methylase  35.08 
 
 		 659 aa  441  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0234  N-6 DNA methylase  34.72 
 
 		 661 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1792  N-6 DNA methylase  35.96 
 
 		 725 aa  433  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0174866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2687  N-6 DNA methylase  33.67 
 
 		 661 aa  431  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.965628  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2604  N-6 DNA methylase  36.62 
 
 		 728 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.205723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1222  N-6 DNA methylase  52.09 
 
 		 552 aa  422  1e-117  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0413  N-6 DNA methylase  33.84 
 
 		 661 aa  426  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.190573  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0276  N-6 DNA methylase  44.11 
 
 		 569 aa  421  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2680  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  35.74 
 
 		 676 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.558636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1550  N-6 DNA methylase  34.84 
 
 		 673 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.677514 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3442  N-6 DNA methylase  42.88 
 
 		 592 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  0.982345 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0751  N-6 DNA methylase  34.29 
 
 		 686 aa  399  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.309292 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  40.89 
 
 		 670 aa  396  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0488  N-6 DNA methylase  42.75 
 
 		 580 aa  391  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.19026 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1060  type I restriction-modification  43.32 
 
 		 675 aa  392  1e-107  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000030221  normal  0.0378969 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1495  N-6 DNA methylase  33.08 
 
 		 661 aa  389  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.304059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  32.39 
 
 		 709 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4916  N-6 DNA methylase  42 
 
 		 607 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  0.660274 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0641  N-6 DNA methylase  42.44 
 
 		 587 aa  375  1e-102  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1857  N-6 DNA methylase  40.55 
 
 		 611 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.618647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19060  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  40.5 
 
 		 586 aa  371  1e-101  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0947092 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0263  N-6 DNA methylase  42.08 
 
 		 589 aa  369  1e-100  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0604  type I restriction-modification system, M subunit; N-6 adenine-specific DNA methylase  39.77 
 
 		 655 aa  369  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0192  N-6 DNA methylase  40.04 
 
 		 583 aa  353  8.999999999999999e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.341004 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22800  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  39.36 
 
 		 644 aa  351  4e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.386245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2608  N-6 DNA methylase  38.63 
 
 		 683 aa  350  7e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.648611  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.61 
 
 		 663 aa  347  4e-94  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0684916  normal  0.490543 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4454  N-6 DNA methylase  30.82 
 
 		 675 aa  301  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4760  type I restriction-modification system DNA methylase  35.26 
 
 		 659 aa  300  1e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.362482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2868  type I restriction-modification system DNA methylase  36.62 
 
 		 675 aa  295  2e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0465984  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  35.02 
 
 		 799 aa  291  3e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1517  N-6 DNA methylase  34.21 
 
 		 691 aa  275  2.0000000000000002e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.140297 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2256  N-6 DNA methylase  41.5 
 
 		 316 aa  221  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0633793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1213  type I restriction-modification system specificity subunit  51.03 
 
 		 196 aa  191  5e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2227  N-6 DNA methylase  47.37 
 
 		 371 aa  187  6e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1365  N-6 DNA methylase  30.3 
 
 		 697 aa  179  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.518057  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  29.3 
 
 		 587 aa  172  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  27.11 
 
 		 574 aa  161  5e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  28.42 
 
 		 822 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  27.22 
 
 		 574 aa  159  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  32.18 
 
 		 505 aa  154  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  28.72 
 
 		 815 aa  152  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  26.75 
 
 		 574 aa  151  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  26.49 
 
 		 633 aa  149  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.07 
 
 		 497 aa  149  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  31.01 
 
 		 585 aa  147  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  32.26 
 
 		 816 aa  144  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  27.82 
 
 		 814 aa  144  9e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  27.73 
 
 		 498 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  27.16 
 
 		 808 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  32.92 
 
 		 498 aa  143  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  27.78 
 
 		 493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  27.31 
 
 		 522 aa  140  6e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  33.02 
 
 		 496 aa  140  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  30.89 
 
 		 540 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  27.52 
 
 		 824 aa  137  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  32.05 
 
 		 809 aa  137  8e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  29.57 
 
 		 873 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  28.02 
 
 		 527 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  32.26 
 
 		 908 aa  134  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  27.13 
 
 		 527 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  26.77 
 
 		 510 aa  134  9e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  25.2 
 
 		 520 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  28.74 
 
 		 539 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  25.2 
 
 		 520 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  27.95 
 
 		 516 aa  132  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  30.91 
 
 		 504 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1120  type I restriction-modification system specificity subunit  28.49 
 
 		 527 aa  132  4.0000000000000003e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  30.88 
 
 		 505 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  28.85 
 
 		 860 aa  131  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  26.05 
 
 		 516 aa  131  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  26.75 
 
 		 526 aa  130  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  29.21 
 
 		 501 aa  130  9.000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  27.82 
 
 		 511 aa  130  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  32.29 
 
 		 498 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1222  N-6 DNA methylase  28.85 
 
 		 519 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  28.53 
 
 		 814 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>