More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2608 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  48 
 
 		 673 aa  635    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0075  N-6 DNA methylase  57.79 
 
 		 658 aa  775    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1328  N-6 DNA methylase  51.89 
 
 		 806 aa  737    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.909053  normal  0.133174 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1016  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  47.81 
 
 		 680 aa  637    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1155  N-6 DNA methylase  55.6 
 
 		 659 aa  751    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0604  type I restriction-modification system, M subunit; N-6 adenine-specific DNA methylase  64.57 
 
 		 655 aa  880    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2687  N-6 DNA methylase  57.85 
 
 		 661 aa  764    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.965628  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1857  N-6 DNA methylase  52.14 
 
 		 611 aa  656    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.618647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1480  N-6 DNA methylase  54.73 
 
 		 777 aa  768    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2608  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 683 aa  1410    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.648611  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0234  N-6 DNA methylase  57.96 
 
 		 661 aa  774    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0413  N-6 DNA methylase  57.66 
 
 		 661 aa  776    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.190573  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1550  N-6 DNA methylase  47.48 
 
 		 673 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.677514 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3984  N-6 DNA methylase  45.8 
 
 		 676 aa  599  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.604067  normal  0.0238771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3935  N-6 DNA methylase  46.16 
 
 		 676 aa  599  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4253  N-6 DNA methylase  44.16 
 
 		 708 aa  593  1e-168  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  45.61 
 
 		 670 aa  590  1e-167  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0488  N-6 DNA methylase  59.05 
 
 		 580 aa  586  1e-166  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.19026 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1060  type I restriction-modification  60.6 
 
 		 675 aa  583  1.0000000000000001e-165  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000030221  normal  0.0378969 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0751  N-6 DNA methylase  44.59 
 
 		 686 aa  561  1e-158  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.309292 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4760  type I restriction-modification system DNA methylase  44.93 
 
 		 659 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.362482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2680  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  44.7 
 
 		 676 aa  556  1e-157  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.558636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43.38 
 
 		 663 aa  550  1e-155  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0684916  normal  0.490543 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1495  N-6 DNA methylase  45.13 
 
 		 661 aa  550  1e-155  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.304059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2868  type I restriction-modification system DNA methylase  44.11 
 
 		 675 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0465984  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4454  N-6 DNA methylase  44.1 
 
 		 675 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  41.4 
 
 		 709 aa  535  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2604  N-6 DNA methylase  41.31 
 
 		 728 aa  528  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.205723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4916  N-6 DNA methylase  51.89 
 
 		 607 aa  514  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  0.660274 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1792  N-6 DNA methylase  39.87 
 
 		 725 aa  512  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0174866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22800  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  40.06 
 
 		 644 aa  492  1e-137  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.386245 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0192  N-6 DNA methylase  40.84 
 
 		 583 aa  473  1e-132  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.341004 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0276  N-6 DNA methylase  48.3 
 
 		 569 aa  473  1e-132  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19060  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  48.8 
 
 		 586 aa  464  1e-129  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0947092 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4473  N-6 DNA methylase  41.24 
 
 		 677 aa  430  1e-119  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.1025 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0776  type I restriction-modification system, M subunit  38.16 
 
 		 636 aa  421  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0115537  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1861  type I restriction-modification system specificity subunit  37.52 
 
 		 710 aa  414  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3442  N-6 DNA methylase  43.9 
 
 		 592 aa  409  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  0.982345 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3570  N-6 DNA methylase  37.27 
 
 		 647 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6258  N-6 DNA methylase  34.85 
 
 		 787 aa  397  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0641  N-6 DNA methylase  43.69 
 
 		 587 aa  397  1e-109  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1517  N-6 DNA methylase  34.61 
 
 		 691 aa  394  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.140297 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0263  N-6 DNA methylase  42.69 
 
 		 589 aa  394  1e-108  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0657  N-6 DNA methylase  35.02 
 
 		 725 aa  362  2e-98  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2941  restriction/modification methyltransferase  38.9 
 
 		 783 aa  360  4e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2201  N-6 DNA methylase  40.41 
 
 		 778 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0841  hypothetical protein  41.14 
 
 		 608 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0027333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2227  N-6 DNA methylase  49.88 
 
 		 371 aa  357  5.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0278  type I restriction-modification system, M subunit  42 
 
 		 790 aa  350  7e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2177  N-6 DNA methylase  40.72 
 
 		 793 aa  349  1e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1367  putative DNA methylase HsdM  38.49 
 
 		 793 aa  348  2e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2269  type I restriction-modification system DNA methylase  41.33 
 
 		 763 aa  344  2.9999999999999997e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1782  N-6 DNA methylase  38.43 
 
 		 829 aa  343  5e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.368234 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003234  type I restriction-modification system DNA-methyltransferase subunit M  38.63 
 
 		 794 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1222  N-6 DNA methylase  42.89 
 
 		 552 aa  330  6e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  37.38 
 
 		 799 aa  317  5e-85  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2256  N-6 DNA methylase  49.13 
 
 		 316 aa  296  8e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0633793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1365  N-6 DNA methylase  33.93 
 
 		 697 aa  203  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.518057  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3989  N-6 DNA methylase  62.33 
 
 		 356 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  31.98 
 
 		 574 aa  181  5.999999999999999e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  31.99 
 
 		 587 aa  178  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  31.67 
 
 		 574 aa  176  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  31.26 
 
 		 574 aa  172  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  28.57 
 
 		 496 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  30.46 
 
 		 822 aa  161  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  30.11 
 
 		 633 aa  161  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  31.33 
 
 		 585 aa  159  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  28.88 
 
 		 505 aa  153  8.999999999999999e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  29.86 
 
 		 523 aa  150  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  29.86 
 
 		 508 aa  150  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  27.8 
 
 		 495 aa  148  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  26.77 
 
 		 498 aa  148  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  27.34 
 
 		 510 aa  148  3e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  28.83 
 
 		 808 aa  147  6e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  26.05 
 
 		 522 aa  145  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  28.54 
 
 		 499 aa  146  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  28.13 
 
 		 815 aa  144  5e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  27.38 
 
 		 908 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  27.43 
 
 		 814 aa  142  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  27.91 
 
 		 496 aa  142  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  28.67 
 
 		 501 aa  142  3e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  25.16 
 
 		 527 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  26.44 
 
 		 500 aa  140  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  27.45 
 
 		 516 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  26.9 
 
 		 505 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  28.93 
 
 		 499 aa  140  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  27.15 
 
 		 873 aa  140  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  26.64 
 
 		 824 aa  140  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  28.05 
 
 		 505 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  27.99 
 
 		 504 aa  138  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  25.92 
 
 		 498 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  27 
 
 		 499 aa  137  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  27.77 
 
 		 494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  25.55 
 
 		 523 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  26.64 
 
 		 510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.65 
 
 		 860 aa  135  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  26.95 
 
 		 520 aa  134  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  26.95 
 
 		 520 aa  134  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0877  putative type I restriction-modification system, M subunit  24.69 
 
 		 529 aa  133  9e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  26.53 
 
 		 816 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>