More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4413 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  99.19 
 
 		 614 aa  1242    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  63.99 
 
 		 630 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  97.72 
 
 		 614 aa  1229    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.79 
 
 		 614 aa  1126    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.79 
 
 		 614 aa  1129    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  98.7 
 
 		 614 aa  1238    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  99.19 
 
 		 614 aa  1242    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  65.17 
 
 		 631 aa  805    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  63.99 
 
 		 630 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  100 
 
 		 614 aa  1250    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  77.76 
 
 		 615 aa  987    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  98.86 
 
 		 614 aa  1239    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.62 
 
 		 614 aa  1127    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  65.81 
 
 		 615 aa  810    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  69.24 
 
 		 623 aa  873    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.62 
 
 		 614 aa  1127    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.46 
 
 		 614 aa  1127    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  51.25 
 
 		 631 aa  615  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  51.1 
 
 		 631 aa  612  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  48.66 
 
 		 631 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  39.43 
 
 		 611 aa  399  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  38.97 
 
 		 611 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  34.71 
 
 		 617 aa  333  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  34.43 
 
 		 618 aa  304  4.0000000000000003e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  31.83 
 
 		 628 aa  279  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  34.3 
 
 		 613 aa  267  4e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.17 
 
 		 613 aa  264  3e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 616 aa  249  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.5 
 
 		 616 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  31.27 
 
 		 1023 aa  243  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  31.01 
 
 		 617 aa  239  9e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  31.15 
 
 		 622 aa  238  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  31.46 
 
 		 616 aa  234  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  31.99 
 
 		 619 aa  231  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  29.88 
 
 		 628 aa  229  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 641 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 648 aa  226  7e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  30.06 
 
 		 614 aa  224  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 602 aa  222  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  31.11 
 
 		 627 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  30.96 
 
 		 628 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  30.7 
 
 		 623 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 619 aa  218  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 627 aa  216  9.999999999999999e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 627 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.76 
 
 		 630 aa  215  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  28.98 
 
 		 623 aa  213  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  29.32 
 
 		 617 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 614 aa  205  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  30.25 
 
 		 646 aa  204  6e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  29.67 
 
 		 612 aa  199  9e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 618 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 634 aa  197  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.89 
 
 		 645 aa  196  9e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 638 aa  196  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  29.34 
 
 		 680 aa  195  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.15 
 
 		 685 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.15 
 
 		 685 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.15 
 
 		 685 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.15 
 
 		 685 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  27.97 
 
 		 615 aa  193  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  29.15 
 
 		 685 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  28.98 
 
 		 685 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  28.98 
 
 		 821 aa  191  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  29.4 
 
 		 673 aa  191  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.09 
 
 		 613 aa  190  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 617 aa  189  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 698 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 624 aa  187  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 641 aa  187  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  28.79 
 
 		 671 aa  187  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  28.77 
 
 		 638 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 624 aa  186  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 640 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 624 aa  183  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 632 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 627 aa  180  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 642 aa  178  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  27.17 
 
 		 623 aa  179  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 626 aa  178  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 626 aa  177  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 637 aa  177  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  27.52 
 
 		 695 aa  176  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  28.78 
 
 		 634 aa  176  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 692 aa  172  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 642 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 642 aa  172  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 629 aa  172  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 642 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 642 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 642 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 638 aa  167  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  26.47 
 
 		 620 aa  167  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  26.4 
 
 		 659 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  26.25 
 
 		 663 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  27.06 
 
 		 621 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  26.25 
 
 		 663 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  26.25 
 
 		 663 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  26.25 
 
 		 663 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  26.25 
 
 		 663 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>