More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2113 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 424 aa  865    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  81.34 
 
 		 420 aa  692    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  68.69 
 
 		 434 aa  590  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  68.69 
 
 		 434 aa  590  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  66.9 
 
 		 434 aa  587  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  69.02 
 
 		 427 aa  582  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  69.1 
 
 		 438 aa  579  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  69.1 
 
 		 439 aa  580  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  68.86 
 
 		 438 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  68.04 
 
 		 436 aa  577  1.0000000000000001e-163  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  68.69 
 
 		 431 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  68.61 
 
 		 432 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  68.04 
 
 		 437 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  67.23 
 
 		 435 aa  573  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  67.88 
 
 		 432 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  69.59 
 
 		 433 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  67.64 
 
 		 433 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  68.52 
 
 		 434 aa  569  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  66.91 
 
 		 434 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  67.96 
 
 		 429 aa  568  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  68.37 
 
 		 432 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  566  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  67.4 
 
 		 433 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  67.4 
 
 		 440 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  66.43 
 
 		 424 aa  565  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  66.99 
 
 		 424 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  67.24 
 
 		 424 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  67.97 
 
 		 424 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  66.99 
 
 		 424 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  67.15 
 
 		 433 aa  563  1.0000000000000001e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  67.8 
 
 		 432 aa  562  1.0000000000000001e-159  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  66.1 
 
 		 431 aa  558  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  67.97 
 
 		 424 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  66.34 
 
 		 431 aa  558  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  67.97 
 
 		 424 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  66.83 
 
 		 434 aa  558  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  67.97 
 
 		 424 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  68.13 
 
 		 434 aa  554  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  66.1 
 
 		 431 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  68.61 
 
 		 434 aa  556  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  70.63 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  67.24 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  65.69 
 
 		 438 aa  555  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  67.48 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  67.73 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  65.05 
 
 		 431 aa  553  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  65.28 
 
 		 424 aa  551  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  67.4 
 
 		 433 aa  553  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  65.78 
 
 		 431 aa  554  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  66.1 
 
 		 431 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  64.39 
 
 		 430 aa  545  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  66.91 
 
 		 433 aa  541  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  66.91 
 
 		 433 aa  541  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  68.13 
 
 		 432 aa  544  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  65.07 
 
 		 434 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 425 aa  539  9.999999999999999e-153  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  67.64 
 
 		 451 aa  538  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0692  serine hydroxymethyltransferase  62.72 
 
 		 421 aa  535  1e-151  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.414357  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  63.42 
 
 		 422 aa  534  1e-151  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  65.25 
 
 		 434 aa  534  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 432 aa  532  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  66.01 
 
 		 425 aa  530  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  64.08 
 
 		 431 aa  530  1e-149  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  65.61 
 
 		 431 aa  525  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  63.59 
 
 		 439 aa  525  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  66.02 
 
 		 435 aa  526  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5759  glycine hydroxymethyltransferase  62.93 
 
 		 431 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  64.91 
 
 		 434 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  62.8 
 
 		 429 aa  522  1e-147  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  64.39 
 
 		 435 aa  523  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  64.39 
 
 		 431 aa  523  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  62.29 
 
 		 431 aa  515  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4270  serine hydroxymethyltransferase  65.94 
 
 		 423 aa  511  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.978969  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0311  serine hydroxymethyltransferase  60.89 
 
 		 420 aa  509  1e-143  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03361  serine hydroxymethyltransferase  57.73 
 
 		 411 aa  508  1e-143  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.498926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  60.64 
 
 		 425 aa  505  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1624  serine hydroxymethyltransferase  57.97 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  57.91 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  56.67 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  61.61 
 
 		 427 aa  505  9.999999999999999e-143  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24721  serine hydroxymethyltransferase  60.98 
 
 		 424 aa  506  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  63.68 
 
 		 438 aa  508  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  60.64 
 
 		 425 aa  505  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  57.42 
 
 		 423 aa  503  1e-141  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  59.61 
 
 		 416 aa  503  1e-141  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02911  serine hydroxymethyltransferase  56.43 
 
 		 423 aa  502  1e-141  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  59.37 
 
 		 413 aa  498  1e-140  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  60.58 
 
 		 415 aa  499  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  63.44 
 
 		 415 aa  498  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0218  serine hydroxymethyltransferase  60.71 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0240245  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  59.61 
 
 		 415 aa  497  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  59.76 
 
 		 415 aa  495  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4898  glycine hydroxymethyltransferase  57.91 
 
 		 427 aa  496  1e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>