More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1895 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  100 
 
 
573 aa  1165  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  49.91 
 
 
567 aa  536  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2053  DNA primase  47.22 
 
 
576 aa  530  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.399908  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1369  DNA primase  50 
 
 
572 aa  504  1e-141  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0240791  normal  0.628544 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0495  DNA primase  44.09 
 
 
599 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117226 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1086  DNA primase  43.77 
 
 
580 aa  471  1e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.115532  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  33.86 
 
 
575 aa  295  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  44.51 
 
 
613 aa  293  7e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  34.11 
 
 
599 aa  290  4e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  36.65 
 
 
601 aa  288  1e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  33.16 
 
 
574 aa  285  1e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1316  DNA primase  41.76 
 
 
577 aa  285  2e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  35.36 
 
 
593 aa  285  2e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  41.26 
 
 
660 aa  283  4e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  40.77 
 
 
655 aa  283  5e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  41.26 
 
 
660 aa  283  6e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  30.66 
 
 
604 aa  283  7e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  41.29 
 
 
586 aa  283  7e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  41.21 
 
 
664 aa  283  8e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  45.1 
 
 
619 aa  282  1e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  40.05 
 
 
651 aa  282  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  38.66 
 
 
598 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  37.35 
 
 
573 aa  282  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  40.93 
 
 
663 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  39.79 
 
 
652 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  39.52 
 
 
600 aa  281  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  40.98 
 
 
660 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  35.51 
 
 
576 aa  281  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.4448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  41.48 
 
 
660 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  36.67 
 
 
575 aa  280  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  280  4e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  280  4e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.25124e-06  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  280  7e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  280  7e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  280  7e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  279  8e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  9.94887e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  279  8e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  39.46 
 
 
598 aa  279  8e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  43.18 
 
 
638 aa  279  9e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  39.46 
 
 
571 aa  279  1e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  2.15576e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  37.17 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  37.17 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  36.7 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.82839e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  36.18 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  37.17 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  40.74 
 
 
588 aa  278  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  37.17 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  37.17 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  37.17 
 
 
574 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  40.76 
 
 
582 aa  276  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  1.95537e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  40.76 
 
 
582 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.55759e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  40.76 
 
 
582 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.22663e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  36.93 
 
 
574 aa  276  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.53498e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  37.44 
 
 
574 aa  276  9e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  36.28 
 
 
601 aa  276  9e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  33.9 
 
 
600 aa  276  1e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  35.79 
 
 
586 aa  275  2e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  30.97 
 
 
544 aa  275  2e-72  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  1.06361e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  39.78 
 
 
604 aa  275  2e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  37.3 
 
 
613 aa  274  4e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  38.38 
 
 
598 aa  273  6e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  39.94 
 
 
609 aa  272  9e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.33993e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  38.09 
 
 
686 aa  273  9e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  37.17 
 
 
595 aa  272  1e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  36.58 
 
 
605 aa  271  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  38.36 
 
 
599 aa  271  3e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  38.73 
 
 
666 aa  271  3e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  39.4 
 
 
584 aa  271  3e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2268  DNA primase  40.81 
 
 
587 aa  270  5e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0256  DNA primase  34.41 
 
 
652 aa  270  5e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230248  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  38.81 
 
 
614 aa  270  6e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.25747e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  33.06 
 
 
626 aa  270  7e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  39.95 
 
 
582 aa  270  8e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  33.04 
 
 
595 aa  269  8e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  39.46 
 
 
584 aa  269  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0912  hypothetical protein  37.53 
 
 
640 aa  268  1e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.121689 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  40.56 
 
 
584 aa  269  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1175  DNA primase  37.22 
 
 
682 aa  269  1e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00198747  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6392  DNA primase  36.89 
 
 
605 aa  268  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  39.4 
 
 
581 aa  268  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.65097e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  39.19 
 
 
584 aa  268  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  39.4 
 
 
581 aa  267  3e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  39.4 
 
 
581 aa  267  3e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  39.4 
 
 
581 aa  267  3e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  4.92318e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  39.4 
 
 
581 aa  267  3e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.06976e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  39.4 
 
 
581 aa  267  3e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.61356e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  39.4 
 
 
581 aa  267  3e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.2434e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  38.01 
 
 
656 aa  267  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1835  DNA primase  31.39 
 
 
623 aa  267  4e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  38.27 
 
 
583 aa  266  5e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  39.42 
 
 
645 aa  267  5e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  39.89 
 
 
663 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  39.5 
 
 
601 aa  266  6e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  42.24 
 
 
611 aa  266  6e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  40.45 
 
 
625 aa  266  7e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  32.37 
 
 
595 aa  266  1e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  38.42 
 
 
588 aa  266  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04097  DNA primase  39.84 
 
 
582 aa  265  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  39.13 
 
 
581 aa  265  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.4553e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  37.84 
 
 
601 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.140428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>