More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0663 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
527 aa  1081    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.05 
 
 
541 aa  521  1e-147  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.95 
 
 
540 aa  435  1e-120  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.37 
 
 
532 aa  410  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.26 
 
 
525 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
525 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.73 
 
 
539 aa  397  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.71 
 
 
604 aa  365  1e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  37.45 
 
 
502 aa  335  9e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  37.12 
 
 
511 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  38.39 
 
 
505 aa  333  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  36.92 
 
 
511 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  37.02 
 
 
502 aa  332  9e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  36.85 
 
 
502 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  36.85 
 
 
502 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.66 
 
 
531 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  37.02 
 
 
502 aa  330  4e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  36.49 
 
 
506 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  36.47 
 
 
502 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  35.42 
 
 
519 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  35.98 
 
 
519 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  40.31 
 
 
639 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.87 
 
 
636 aa  317  4e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  36.17 
 
 
517 aa  317  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.89 
 
 
523 aa  316  8e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  36.74 
 
 
518 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.57 
 
 
459 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  35.23 
 
 
519 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  35.55 
 
 
520 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  35.23 
 
 
519 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  36.08 
 
 
525 aa  312  6.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  36.08 
 
 
525 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  36.08 
 
 
525 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  39.52 
 
 
671 aa  311  1e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.89 
 
 
577 aa  311  1e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.99 
 
 
582 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41 
 
 
631 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.384971  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.08 
 
 
581 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.77 
 
 
519 aa  310  4e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.89 
 
 
438 aa  307  3e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  36.36 
 
 
519 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2361  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.38 
 
 
450 aa  307  3e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  36.85 
 
 
515 aa  306  6e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  37.04 
 
 
510 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.99 
 
 
462 aa  303  6.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.31 
 
 
688 aa  301  2e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.87 
 
 
591 aa  301  3e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  39.82 
 
 
464 aa  300  6e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1201  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.13 
 
 
471 aa  299  7e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.87 
 
 
522 aa  299  8e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3196  Fis family transcriptional regulator  43.97 
 
 
494 aa  299  9e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.41 
 
 
661 aa  299  9e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.22 
 
 
544 aa  298  2e-79  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.38 
 
 
532 aa  297  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  37.63 
 
 
935 aa  297  3e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.36 
 
 
568 aa  296  5e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  39.92 
 
 
586 aa  296  7e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.92 
 
 
522 aa  295  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.39 
 
 
571 aa  295  2e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  38.58 
 
 
696 aa  294  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.04 
 
 
501 aa  295  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.78 
 
 
501 aa  294  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0572  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.05 
 
 
459 aa  294  3e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  34.03 
 
 
525 aa  293  5e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.61 
 
 
690 aa  293  5e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.8 
 
 
522 aa  293  6e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  40 
 
 
662 aa  293  6e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1275  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.3 
 
 
709 aa  293  7e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.75 
 
 
601 aa  293  7e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.93 
 
 
536 aa  292  9e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36000  propionate catabolism operon regulator  38.77 
 
 
473 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0249569  hitchhiker  0.000000000000235786 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  34.36 
 
 
518 aa  291  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.43 
 
 
597 aa  291  2e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  34.73 
 
 
516 aa  290  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.17 
 
 
455 aa  290  4e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4948  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.46 
 
 
455 aa  290  4e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.87 
 
 
687 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1683  transcriptional regulator  40.6 
 
 
588 aa  288  1e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0451023  normal  0.0113335 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0304  putative PAS/PAC sensor protein  37.8 
 
 
459 aa  288  2e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.14 
 
 
467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0306  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.07 
 
 
657 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.715643  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  33.46 
 
 
521 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0372  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.24 
 
 
455 aa  287  4e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2302  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.84 
 
 
458 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.957796  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.53 
 
 
690 aa  286  7e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.53 
 
 
690 aa  286  7e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.8 
 
 
455 aa  286  8e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.53 
 
 
690 aa  286  8e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.53 
 
 
690 aa  286  8e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.53 
 
 
690 aa  286  8e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000332878 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.8 
 
 
455 aa  286  9e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31410  sigma54-dependent activator protein  38.15 
 
 
667 aa  286  9e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.02 
 
 
455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4239  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.31 
 
 
690 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.931391  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.58 
 
 
455 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.58 
 
 
455 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.31 
 
 
690 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.27 
 
 
710 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.53 
 
 
690 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>