More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1458 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1458  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 269 aa  539  9.999999999999999e-153  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000125438  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  34.17 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  31.82 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  34.31 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  33.07 
 
 		 265 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  32.84 
 
 		 274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  35.71 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  31.3 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  31.3 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 267 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.3 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.55 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13330  amino acid-binding protein  30.82 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.55 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  31.46 
 
 		 263 aa  122  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 268 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  29.8 
 
 		 265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  30.71 
 
 		 264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.52 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  30.34 
 
 		 264 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.77 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.1 
 
 		 282 aa  112  9e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.04 
 
 		 276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  29.06 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.25 
 
 		 260 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.92 
 
 		 265 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.8 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  32.9 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  32.9 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.53 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.53 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.53 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.53 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  25.8 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.64 
 
 		 263 aa  100  3e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  32.9 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 277 aa  99.4  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.15 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.15 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  31.22 
 
 		 264 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.77 
 
 		 265 aa  99  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 		 284 aa  99  8e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30.8 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.8 
 
 		 264 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 		 489 aa  95.5  7e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  32.47 
 
 		 266 aa  95.5  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  32.47 
 
 		 266 aa  95.5  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  32.47 
 
 		 266 aa  95.5  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  30.65 
 
 		 266 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  30.97 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 		 489 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  30.77 
 
 		 489 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  30.47 
 
 		 266 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06880  amino acid-binding protein  29.66 
 
 		 286 aa  93.2  4e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0612376  normal  0.365115 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.97 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.55 
 
 		 266 aa  92.8  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  30.47 
 
 		 266 aa  92.8  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  30.08 
 
 		 285 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 247 aa  92.4  8e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  29.22 
 
 		 248 aa  92  8e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0517  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 283 aa  92  9e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.61 
 
 		 264 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.46 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.27 
 
 		 503 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  29.17 
 
 		 273 aa  90.5  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 260 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 273 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  29.29 
 
 		 265 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.51 
 
 		 266 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.51 
 
 		 266 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1432  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.68 
 
 		 260 aa  89.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.897061 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  30.3 
 
 		 260 aa  89  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  32.65 
 
 		 264 aa  88.6  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  27.61 
 
 		 272 aa  87.4  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  29.66 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  29.66 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  29.66 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  29.36 
 
 		 238 aa  86.3  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  25.65 
 
 		 266 aa  85.9  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  30.81 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  28.76 
 
 		 266 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 276 aa  85.5  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  28.63 
 
 		 268 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 294 aa  85.5  9e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.3 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  27.55 
 
 		 263 aa  84.7  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2184  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>