More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1165 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  578  1e-164  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  36.57 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0768  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  32.21 
 
 		 279 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  32.44 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 265 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  30.56 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  27.54 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.4 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  23.85 
 
 		 307 aa  92  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  24.12 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 1201 aa  89.4  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 291 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  23.6 
 
 		 306 aa  89  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  23.38 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  25.2 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  26.64 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  25.18 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  23.74 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  25.7 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 144 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.29 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  23.51 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 327 aa  79  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0402  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.5 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 276 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1736  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0975  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.89 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  26.29 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  23.58 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9341  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  33 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.455721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 410 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  22.13 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2800  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1093  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1424  AraC family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.46169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  25 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3737  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  24.44 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  34 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6251  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  32.32 
 
 		 387 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 519 aa  72.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06729  hypothetical protein  22.55 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 339 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 285 aa  72  0.000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  24.6 
 
 		 350 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 350 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>