More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4909 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  605  9.999999999999999e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  43.52 
 
 		 319 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  45.96 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  45.96 
 
 		 297 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  41.32 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  41.26 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  42.8 
 
 		 323 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  42.55 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  44.21 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  44.12 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 302 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 323 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  44.09 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 325 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 278 aa  176  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 333 aa  152  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.74 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.51 
 
 		 309 aa  150  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.58 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 323 aa  142  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  35.49 
 
 		 321 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 334 aa  135  8e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  29.77 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  30.56 
 
 		 347 aa  132  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  28.8 
 
 		 327 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>