172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9052 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  100 
 
 		 366 aa  753    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  50.28 
 
 		 363 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1658  esterase, PHB depolymerase family  49.72 
 
 		 363 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.044626  normal  0.200304 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  52.04 
 
 		 317 aa  316  5e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  45 
 
 		 392 aa  305  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  44.9 
 
 		 394 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  43.35 
 
 		 381 aa  293  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  43.01 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  45 
 
 		 392 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  47.62 
 
 		 529 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  42.74 
 
 		 368 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  43.96 
 
 		 417 aa  262  6.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  43.79 
 
 		 419 aa  257  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  39.8 
 
 		 331 aa  243  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  40.34 
 
 		 414 aa  230  3e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  39.19 
 
 		 343 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3146  PHB depolymerase family esterase  41.3 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616621  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3195  PHB depolymerase family esterase  41.3 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1658  hypothetical protein  39.93 
 
 		 342 aa  205  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  37.67 
 
 		 450 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0520  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  38.78 
 
 		 315 aa  195  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.213794 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0666  PHB depolymerase family esterase  37.98 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.19814 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3457  PHB depolymerase family esterase  37.98 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00100534  normal  0.0484591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3281  PHB depolymerase family esterase  37.98 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123573 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0935  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  33.68 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3172  esterase, PHB depolymerase family protein  36.05 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0370898  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  30.28 
 
 		 442 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  30.58 
 
 		 436 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  35.83 
 
 		 372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  36.74 
 
 		 367 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2509  esterase, PHB depolymerase family  31.18 
 
 		 489 aa  143  4e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.821888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  33.71 
 
 		 378 aa  142  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  34.08 
 
 		 429 aa  142  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3959  esterase, PHB depolymerase family  31.42 
 
 		 423 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  37.86 
 
 		 406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  34.31 
 
 		 419 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  32.16 
 
 		 544 aa  140  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  34.83 
 
 		 367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  35.04 
 
 		 387 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  34.69 
 
 		 355 aa  139  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  33.84 
 
 		 396 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  32.69 
 
 		 414 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  41.75 
 
 		 396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  32.31 
 
 		 422 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2245  esterase, PHB depolymerase family  30.5 
 
 		 432 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.386893 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  33.85 
 
 		 385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  34.36 
 
 		 429 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  32.58 
 
 		 416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0179  PHB depolymerase family esterase  31.32 
 
 		 656 aa  127  3e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.18087  normal  0.428012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  36.49 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  30.55 
 
 		 518 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  31.67 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4958  esterase, PHB depolymerase family  29.2 
 
 		 451 aa  123  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.348858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  34.34 
 
 		 438 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1761  esterase, PHB depolymerase family  34.36 
 
 		 422 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1483  PHB depolymerase family esterase  34.36 
 
 		 422 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  33 
 
 		 398 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1484  esterase, PHB depolymerase family  34.36 
 
 		 425 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220911  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  31.89 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  31.32 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  32.27 
 
 		 403 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  33.83 
 
 		 344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2149  hypothetical protein  32.23 
 
 		 343 aa  117  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000536767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  34.9 
 
 		 466 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  30.74 
 
 		 369 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  34.6 
 
 		 419 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  29.69 
 
 		 398 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  34.22 
 
 		 419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.92 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  33.96 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  36.89 
 
 		 411 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  33.5 
 
 		 344 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4273  esterase, PHB depolymerase  35.41 
 
 		 394 aa  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  31.18 
 
 		 419 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  35.68 
 
 		 410 aa  112  9e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  34.5 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 364 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  27.34 
 
 		 352 aa  109  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 382 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 382 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  30.65 
 
 		 382 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  30.65 
 
 		 382 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06093  Acetylxylan esterase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS5]  30.67 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00247339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  28.76 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  28.76 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  28.76 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  38.42 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  33.33 
 
 		 404 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  30.6 
 
 		 355 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  29.61 
 
 		 369 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  36.22 
 
 		 370 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  28.93 
 
 		 433 aa  103  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1012  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  31.43 
 
 		 427 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  34.59 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2235  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  31.02 
 
 		 427 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00861555  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0209  esterase, PHB depolymerase family  34.2 
 
 		 342 aa  99.8  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4615  PHB depolymerase family esterase  32.83 
 
 		 359 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  34.64 
 
 		 338 aa  99.8  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>