138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3236 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3236  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  100 
 
 
137 aa  265  1e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3955  ATP-binding region ATPase domain protein  50 
 
 
135 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2474  hypothetical protein  41.79 
 
 
132 aa  83.6  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  47.54 
 
 
952 aa  79  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1921  hypothetical protein  47.12 
 
 
165 aa  75.9  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2297  hypothetical protein  42.73 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000200107  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2641  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.21 
 
 
122 aa  72  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000159202  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1263  response regulator receiver  44.94 
 
 
282 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0593741  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32040  histidine kinase  39.25 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.3856  normal  0.302354 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0192  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.45 
 
 
177 aa  64.3  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.513716 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4668  ATP-binding region ATPase domain protein  39.02 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  39.81 
 
 
817 aa  62.8  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  46.34 
 
 
693 aa  61.2  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0400  putative signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 
203 aa  60.8  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0346  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.04 
 
 
122 aa  60.1  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108962  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.96 
 
 
750 aa  60.1  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0025  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.36 
 
 
226 aa  59.7  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  43.18 
 
 
805 aa  59.7  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8367  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.07 
 
 
251 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.36 
 
 
1045 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  36.67 
 
 
694 aa  58.5  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6464  ATP-binding region ATPase domain-containing protein  34.23 
 
 
164 aa  58.2  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.675812 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  40.22 
 
 
1225 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0104  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.57 
 
 
141 aa  57.8  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.141556  normal  0.0323603 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5093  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.07 
 
 
132 aa  57.4  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.738847  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4348  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.3 
 
 
119 aa  57  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00391365  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  37.14 
 
 
745 aa  57  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  34.17 
 
 
693 aa  56.2  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  34.58 
 
 
722 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  41.67 
 
 
771 aa  56.2  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0121  putative PAS/PAC sensor protein  38.04 
 
 
470 aa  56.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.660456  normal  0.370084 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0233  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  42.27 
 
 
347 aa  55.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.211721  hitchhiker  0.0066599 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  40.45 
 
 
716 aa  55.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3058  hypothetical protein  35.96 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000540346  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1173  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.3 
 
 
180 aa  56.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  38.68 
 
 
1039 aa  55.1  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2744  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.82 
 
 
155 aa  55.1  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0969  hypothetical protein  37.14 
 
 
144 aa  54.3  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4290  ATPase domain-containing protein  36.7 
 
 
315 aa  54.3  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.814219  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.74 
 
 
738 aa  53.9  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0014  putative signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
160 aa  53.9  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4525  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.74 
 
 
130 aa  53.9  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1968  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.25 
 
 
216 aa  53.9  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.075139  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8587  putative signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
158 aa  53.5  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00197112  normal  0.613164 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3741  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41 
 
 
133 aa  53.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.217317  normal  0.012325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  41.76 
 
 
573 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3632  ATP-binding region ATPase domain protein  38.54 
 
 
161 aa  53.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2037  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.08 
 
 
182 aa  52.8  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.68 
 
 
159 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.252056 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5624  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.41 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000415643  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  40.66 
 
 
713 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2800  putative signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
135 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.366639  normal  0.788147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7320  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.9 
 
 
288 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000252308  decreased coverage  0.00000000279842 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2086  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.9 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.019454  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  45.83 
 
 
753 aa  51.6  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0097  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.13 
 
 
155 aa  52  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0115417  normal  0.062689 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  38.82 
 
 
746 aa  52  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.4 
 
 
688 aa  51.6  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  38.95 
 
 
591 aa  50.8  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.78 
 
 
549 aa  50.8  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4499  ATP-binding region ATPase domain protein  37.84 
 
 
365 aa  50.4  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000991404  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3607  hypothetical protein  35.96 
 
 
159 aa  50.4  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  34.86 
 
 
855 aa  50.4  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0038  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.42 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.536506  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2700  putative signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
207 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.738661  normal  0.546363 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  36.28 
 
 
697 aa  48.9  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2108  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.19 
 
 
151 aa  48.5  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  40.86 
 
 
743 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9396  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.09 
 
 
171 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.63 
 
 
137 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.5414  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1779  putative signal transduction histidine kinase  39.56 
 
 
214 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.144417 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7294  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.63 
 
 
161 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2541  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  31.25 
 
 
156 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.7405  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0019  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.2 
 
 
255 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6631  putative signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 
135 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0674873 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
134 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.903724  normal  0.217215 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0391  hypothetical protein  33.91 
 
 
136 aa  47.8  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  35.19 
 
 
713 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0081  putative signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
150 aa  47.8  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.273591  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5361  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.61 
 
 
265 aa  47.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.18 
 
 
135 aa  47.4  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  0.468222 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  35.54 
 
 
528 aa  47.4  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1919  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.56 
 
 
150 aa  47  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3463  ATP-binding region ATPase domain protein  34.38 
 
 
188 aa  46.6  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.218355 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2536  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  36.73 
 
 
199 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1542  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.21 
 
 
355 aa  46.6  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0477003  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1570  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.78 
 
 
135 aa  46.2  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.196284  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  42.65 
 
 
765 aa  46.2  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1327  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.13 
 
 
211 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2880  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.73 
 
 
142 aa  46.2  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0493061  normal  0.177095 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2138  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  35.09 
 
 
155 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0220396  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2379  putative serine/threonine kinaseanti-sigma factor  37 
 
 
197 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.084958 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1052  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.04 
 
 
655 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.620454  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1448  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.81 
 
 
164 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0047791  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4370  putative signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2307  putative regulator  31.34 
 
 
181 aa  45.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2776  hypothetical protein  31.58 
 
 
137 aa  45.4  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4034  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40 
 
 
129 aa  45.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.02 
 
 
616 aa  45.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  42.11 
 
 
754 aa  45.4  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>