126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2536 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2536  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  100 
 
 
199 aa  388  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0892  hypothetical protein  63.74 
 
 
195 aa  212  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2634  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  44.74 
 
 
227 aa  119  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0400  putative signal transduction histidine kinase  44.51 
 
 
203 aa  115  6e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1327  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  48.33 
 
 
211 aa  114  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2700  putative signal transduction histidine kinase  43.09 
 
 
207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.738661  normal  0.546363 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2892  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  41.29 
 
 
202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1779  putative signal transduction histidine kinase  41.48 
 
 
214 aa  111  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.144417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.94 
 
 
356 aa  109  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.65443  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2379  putative serine/threonine kinaseanti-sigma factor  41.99 
 
 
197 aa  102  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.084958 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0034  hypothetical protein  44.94 
 
 
236 aa  100  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1833  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  36.45 
 
 
234 aa  98.2  7e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7826  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  43.08 
 
 
152 aa  95.5  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  49.07 
 
 
817 aa  82.4  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  44.07 
 
 
855 aa  80.9  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.32 
 
 
549 aa  79  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  44.64 
 
 
722 aa  77.4  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  46.79 
 
 
591 aa  76.6  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0164  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.86 
 
 
174 aa  77  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2307  putative regulator  39.29 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.53 
 
 
1045 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  43.48 
 
 
573 aa  72.4  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  44.95 
 
 
1039 aa  72  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2744  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.76 
 
 
155 aa  72  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0192  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  44.12 
 
 
177 aa  70.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.513716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  37.96 
 
 
697 aa  70.9  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0874  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.46 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0918  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  39.66 
 
 
142 aa  68.6  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283269  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0519  putative signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
165 aa  68.6  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7294  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.65 
 
 
161 aa  68.2  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1173  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  43.24 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  39.83 
 
 
713 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5629  putative signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
167 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.56187 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.97 
 
 
159 aa  65.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.252056 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4151  putative signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 
183 aa  65.9  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  44.17 
 
 
616 aa  65.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.18 
 
 
738 aa  65.5  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1228  putative signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
169 aa  65.1  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.23 
 
 
579 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1968  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.17 
 
 
216 aa  63.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.075139  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3782  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.51 
 
 
146 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0489  putative signal transduction histidine kinase  40.71 
 
 
145 aa  62.4  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2511  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.59 
 
 
130 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.653712 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  33.54 
 
 
754 aa  62  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4085  putative signal transduction histidine kinase  35.61 
 
 
160 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5624  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.84 
 
 
143 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000415643  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2499  hypothetical protein  38.61 
 
 
105 aa  59.3  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.139132 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  40.5 
 
 
716 aa  58.9  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8758  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.06 
 
 
192 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1263  response regulator receiver  40 
 
 
282 aa  58.2  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0593741  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1570  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.91 
 
 
135 aa  57.4  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.196284  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0664  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  43.27 
 
 
147 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.535186 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  40.45 
 
 
746 aa  57.8  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  39.64 
 
 
745 aa  57.8  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  29.11 
 
 
744 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2543  hypothetical protein  33.33 
 
 
155 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143777  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.93 
 
 
134 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.903724  normal  0.217215 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0097  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.66 
 
 
155 aa  56.6  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0115417  normal  0.062689 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.37 
 
 
743 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  34.29 
 
 
771 aa  55.5  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  34.62 
 
 
805 aa  55.1  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.04 
 
 
952 aa  55.1  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  42.65 
 
 
753 aa  54.7  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2967  hypothetical protein  35.2 
 
 
166 aa  54.3  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  46.67 
 
 
776 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2086  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.05 
 
 
134 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.019454  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1581  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.89 
 
 
149 aa  53.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0308365  normal  0.151358 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  36.52 
 
 
693 aa  53.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2880  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.71 
 
 
142 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0493061  normal  0.177095 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0104  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.86 
 
 
141 aa  52.8  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.141556  normal  0.0323603 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2641  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.3 
 
 
122 aa  52.4  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000159202  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2138  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  35.96 
 
 
155 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0220396  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.35 
 
 
613 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0346  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.7 
 
 
122 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108962  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4499  ATP-binding region ATPase domain protein  38.79 
 
 
365 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000991404  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  28.99 
 
 
765 aa  50.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2800  putative signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
135 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.366639  normal  0.788147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.75 
 
 
135 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  0.468222 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4051  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  40.91 
 
 
281 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.932154  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2031  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.11 
 
 
121 aa  50.4  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4605  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.5 
 
 
155 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6631  putative signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
135 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0674873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  32 
 
 
743 aa  49.3  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2295  hypothetical protein  32.85 
 
 
200 aa  49.3  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.147419  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7320  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.19 
 
 
288 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000252308  decreased coverage  0.00000000279842 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01960  Protein of unknown function (DUF742)  33.06 
 
 
174 aa  49.3  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.505418 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0976  hypothetical protein  36.54 
 
 
158 aa  48.5  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4034  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.38 
 
 
129 aa  48.5  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32040  histidine kinase  39.33 
 
 
156 aa  48.5  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.3856  normal  0.302354 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.36 
 
 
207 aa  48.5  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.111836  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1919  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.35 
 
 
150 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8587  putative signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 
158 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00197112  normal  0.613164 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  33.83 
 
 
528 aa  48.1  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3435  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.29 
 
 
164 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0121254  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0233  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.68 
 
 
347 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.211721  hitchhiker  0.0066599 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4276  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.53 
 
 
180 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0915518  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4348  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.78 
 
 
119 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00391365  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3632  ATP-binding region ATPase domain protein  34.21 
 
 
161 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3058  hypothetical protein  35 
 
 
134 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000540346  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0586  signal transduction histidine kinase, LytS  34.56 
 
 
123 aa  46.6  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0183303  hitchhiker  0.00998812 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>