116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2379 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2379  putative serine/threonine kinaseanti-sigma factor  100 
 
 
197 aa  392  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.084958 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0400  putative signal transduction histidine kinase  39.3 
 
 
203 aa  106  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2536  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  41.99 
 
 
199 aa  102  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2634  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.81 
 
 
227 aa  99.8  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0892  hypothetical protein  40.46 
 
 
195 aa  94.7  7e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2700  putative signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 
207 aa  92.4  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.738661  normal  0.546363 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0034  hypothetical protein  37.44 
 
 
236 aa  90.9  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1327  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  42.67 
 
 
211 aa  90.5  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1779  putative signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
214 aa  85.9  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.144417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.67 
 
 
356 aa  80.5  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.65443  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1833  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  33.99 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2892  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  34.76 
 
 
202 aa  77.4  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  46.67 
 
 
1039 aa  72  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.2 
 
 
1045 aa  69.7  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  37.6 
 
 
817 aa  68.2  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  40.34 
 
 
697 aa  67.8  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  48.15 
 
 
616 aa  64.7  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1263  response regulator receiver  38.98 
 
 
282 aa  64.7  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0593741  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0664  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.66 
 
 
147 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.535186 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7826  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.38 
 
 
152 aa  62.8  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4051  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  40.86 
 
 
281 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.932154  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0164  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.05 
 
 
174 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8758  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.04 
 
 
192 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4348  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.36 
 
 
119 aa  58.5  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00391365  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  39.13 
 
 
855 aa  58.9  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0489  putative signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
145 aa  58.2  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.9 
 
 
743 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.29 
 
 
573 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.18 
 
 
753 aa  56.6  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  34.23 
 
 
722 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5624  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.68 
 
 
143 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000415643  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5093  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.69 
 
 
132 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.738847  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.36 
 
 
738 aa  56.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32040  histidine kinase  40.43 
 
 
156 aa  56.2  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.3856  normal  0.302354 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  35.34 
 
 
716 aa  56.2  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  34.96 
 
 
746 aa  55.8  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  35.29 
 
 
745 aa  55.1  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0233  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.2 
 
 
347 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.211721  hitchhiker  0.0066599 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.85 
 
 
750 aa  53.9  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2086  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.19 
 
 
134 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.019454  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  34.29 
 
 
743 aa  53.5  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1570  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.38 
 
 
135 aa  53.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.196284  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  38.3 
 
 
713 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3058  hypothetical protein  38.46 
 
 
134 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000540346  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4085  putative signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
160 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  35.77 
 
 
805 aa  52.8  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 
1225 aa  52.4  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.86 
 
 
952 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.08 
 
 
549 aa  52  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  33.62 
 
 
771 aa  52  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.92 
 
 
137 aa  52  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.5414  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  50.88 
 
 
754 aa  51.2  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0014  putative signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 
160 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.94 
 
 
135 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  0.468222 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  31.58 
 
 
744 aa  50.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  49.06 
 
 
765 aa  50.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.11 
 
 
579 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2744  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.75 
 
 
155 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0025  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.48 
 
 
226 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  34.78 
 
 
591 aa  49.3  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0192  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.16 
 
 
177 aa  49.7  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.513716 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0519  putative signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
165 aa  49.7  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0346  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.48 
 
 
122 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108962  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2511  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.96 
 
 
130 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.653712 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0918  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  31.45 
 
 
142 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283269  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1919  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.95 
 
 
150 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8587  putative signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 
158 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00197112  normal  0.613164 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  36.54 
 
 
693 aa  48.5  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1052  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.16 
 
 
655 aa  48.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.620454  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2074  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.89 
 
 
136 aa  48.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148055  normal  0.91426 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  49.12 
 
 
776 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4499  ATP-binding region ATPase domain protein  35.65 
 
 
365 aa  48.1  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000991404  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1655  hypothetical protein  36.28 
 
 
162 aa  47.4  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0121  putative PAS/PAC sensor protein  33.96 
 
 
470 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.660456  normal  0.370084 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1228  putative signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
169 aa  46.6  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6631  putative signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 
135 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0674873 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4779  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.78 
 
 
141 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2776  hypothetical protein  27.27 
 
 
137 aa  46.2  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2880  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.56 
 
 
142 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0493061  normal  0.177095 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3236  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37 
 
 
137 aa  45.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2800  putative signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
135 aa  45.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.366639  normal  0.788147 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0976  hypothetical protein  31.94 
 
 
158 aa  45.4  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2138  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  38.54 
 
 
155 aa  45.4  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0220396  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3955  ATP-binding region ATPase domain protein  37.93 
 
 
135 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7294  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.79 
 
 
161 aa  45.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  29.5 
 
 
693 aa  45.1  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1173  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.76 
 
 
180 aa  44.7  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0104  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.48 
 
 
141 aa  44.7  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.141556  normal  0.0323603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1542  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.86 
 
 
355 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0477003  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0019  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.06 
 
 
255 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0095  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.06 
 
 
174 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4370  putative signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
134 aa  44.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0755  putative regulatory protein  33.33 
 
 
164 aa  43.9  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364098  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2666  putative signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
432 aa  43.5  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0969  hypothetical protein  32.97 
 
 
144 aa  43.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1233  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.73 
 
 
151 aa  43.9  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.226283  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3148  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
146 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00947281  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7320  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.79 
 
 
288 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000252308  decreased coverage  0.00000000279842 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01960  Protein of unknown function (DUF742)  30.86 
 
 
174 aa  42.7  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.505418 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3632  ATP-binding region ATPase domain protein  28.99 
 
 
161 aa  43.1  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>