118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0400 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0400  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 
203 aa  400  1e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2700  putative signal transduction histidine kinase  65.82 
 
 
207 aa  247  6e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.738661  normal  0.546363 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1779  putative signal transduction histidine kinase  64.74 
 
 
214 aa  232  3e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.144417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0034  hypothetical protein  53.96 
 
 
236 aa  162  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1327  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.93 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2536  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  44.51 
 
 
199 aa  115  6e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2379  putative serine/threonine kinaseanti-sigma factor  39.3 
 
 
197 aa  106  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.084958 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0892  hypothetical protein  39.89 
 
 
195 aa  97.8  8e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2634  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.95 
 
 
227 aa  87.8  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34 
 
 
356 aa  79.3  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.65443  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  40.65 
 
 
817 aa  75.1  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.6 
 
 
1045 aa  72  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2307  putative regulator  34.71 
 
 
181 aa  71.6  0.000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7294  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36 
 
 
161 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  36.13 
 
 
722 aa  70.5  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7826  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.14 
 
 
152 aa  68.6  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1968  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.94 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.075139  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2892  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  33.75 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  37.96 
 
 
713 aa  65.9  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  41.58 
 
 
591 aa  63.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1833  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  32.5 
 
 
234 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0519  putative signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
165 aa  62.8  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2641  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40 
 
 
122 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000159202  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5629  putative signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 
167 aa  62.8  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.56187 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.51 
 
 
616 aa  61.6  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  38.21 
 
 
1225 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1173  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.91 
 
 
180 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0025  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.72 
 
 
226 aa  60.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  35.65 
 
 
855 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2744  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.45 
 
 
155 aa  59.7  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0664  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.54 
 
 
147 aa  58.2  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.535186 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0586  signal transduction histidine kinase, LytS  34.74 
 
 
123 aa  57  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0183303  hitchhiker  0.00998812 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3236  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.58 
 
 
137 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  39.29 
 
 
1039 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0874  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.85 
 
 
205 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3058  hypothetical protein  36.44 
 
 
134 aa  56.6  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000540346  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4605  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.59 
 
 
155 aa  55.8  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.51 
 
 
738 aa  55.5  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.97 
 
 
159 aa  55.1  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.252056 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2511  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.58 
 
 
130 aa  54.7  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.653712 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5266  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.65 
 
 
204 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32040  histidine kinase  37.72 
 
 
156 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.3856  normal  0.302354 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4151  putative signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
183 aa  53.9  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  36.22 
 
 
716 aa  53.5  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4348  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.5 
 
 
119 aa  53.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00391365  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.68 
 
 
952 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3632  ATP-binding region ATPase domain protein  30.23 
 
 
161 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  36.07 
 
 
697 aa  53.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.13 
 
 
743 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  28.74 
 
 
765 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6464  ATP-binding region ATPase domain-containing protein  29.82 
 
 
164 aa  52.4  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.675812 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1228  putative signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
169 aa  52  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1448  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.18 
 
 
164 aa  51.6  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0047791  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0164  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
174 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5624  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.23 
 
 
143 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000415643  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  26.51 
 
 
753 aa  49.3  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0097  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.71 
 
 
155 aa  49.3  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0115417  normal  0.062689 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3955  ATP-binding region ATPase domain protein  38.14 
 
 
135 aa  49.3  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2880  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.45 
 
 
142 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0493061  normal  0.177095 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.88 
 
 
579 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4051  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  31.3 
 
 
281 aa  48.9  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.932154  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1416  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.52 
 
 
151 aa  48.5  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.034656  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8587  putative signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
158 aa  48.5  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00197112  normal  0.613164 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0969  hypothetical protein  37.11 
 
 
144 aa  48.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  33.33 
 
 
746 aa  48.1  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0038  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
151 aa  47.8  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.536506  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0095  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.03 
 
 
174 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3782  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.03 
 
 
146 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.69 
 
 
573 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0976  hypothetical protein  37.5 
 
 
158 aa  47.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2295  hypothetical protein  32.26 
 
 
200 aa  47.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.147419  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.63 
 
 
613 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  30.77 
 
 
771 aa  47.4  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0918  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  30.53 
 
 
142 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283269  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2138  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  32.08 
 
 
155 aa  46.2  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0220396  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2499  hypothetical protein  35.92 
 
 
105 aa  46.2  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.139132 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  49.06 
 
 
776 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.05 
 
 
135 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  0.468222 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4525  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.29 
 
 
130 aa  46.6  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2776  hypothetical protein  32.26 
 
 
137 aa  46.2  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0192  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.78 
 
 
177 aa  45.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.513716 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4668  ATP-binding region ATPase domain protein  29.01 
 
 
148 aa  45.8  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5093  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.12 
 
 
132 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.738847  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0489  putative signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
145 aa  45.4  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  41.18 
 
 
693 aa  45.1  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0019  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.03 
 
 
255 aa  45.1  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2800  putative signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
135 aa  45.1  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.366639  normal  0.788147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7320  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.93 
 
 
288 aa  45.1  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000252308  decreased coverage  0.00000000279842 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1233  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.39 
 
 
151 aa  45.1  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.226283  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5025  putative signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
166 aa  44.7  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.239464  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01960  Protein of unknown function (DUF742)  23.31 
 
 
174 aa  44.7  0.0009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.505418 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1263  response regulator receiver  31.97 
 
 
282 aa  44.7  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0593741  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0346  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.11 
 
 
122 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108962  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0777  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.91 
 
 
130 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0574046  hitchhiker  0.00140169 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0014  putative signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
160 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  42.19 
 
 
754 aa  44.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2086  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.5 
 
 
134 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.019454  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4515  hypothetical protein  37 
 
 
176 aa  43.5  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2541  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  32.35 
 
 
156 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.7405  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.41 
 
 
134 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.903724  normal  0.217215 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>