139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0121 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0121  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
470 aa  902    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.660456  normal  0.370084 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1542  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  51.3 
 
 
355 aa  90.9  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0477003  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4499  ATP-binding region ATPase domain protein  47.86 
 
 
365 aa  90.5  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000991404  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0233  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  45.53 
 
 
347 aa  77.4  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.211721  hitchhiker  0.0066599 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4290  ATPase domain-containing protein  29.53 
 
 
315 aa  76.3  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.814219  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0918  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  38.93 
 
 
142 aa  73.9  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.53 
 
 
613 aa  72.4  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.03 
 
 
738 aa  70.5  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4276  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.35 
 
 
180 aa  69.3  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0915518  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2138  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  37.82 
 
 
155 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0220396  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  32.97 
 
 
800 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5624  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.18 
 
 
143 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000415643  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.12 
 
 
688 aa  65.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32040  histidine kinase  35.29 
 
 
156 aa  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.3856  normal  0.302354 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8367  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.4 
 
 
251 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  36.09 
 
 
697 aa  64.7  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  35.09 
 
 
591 aa  63.5  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0664  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.19 
 
 
147 aa  63.5  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.535186 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  38.26 
 
 
855 aa  63.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.84 
 
 
573 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0097  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.03 
 
 
155 aa  62  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0115417  normal  0.062689 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0156  putative signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 
132 aa  62.4  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.888783  normal  0.296506 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4348  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  43.9 
 
 
119 aa  62  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00391365  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4051  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  33.33 
 
 
281 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.932154  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  36.54 
 
 
722 aa  61.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 
1039 aa  61.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1263  response regulator receiver  37.17 
 
 
282 aa  60.8  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0593741  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  35.51 
 
 
694 aa  60.8  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.23 
 
 
750 aa  60.8  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.28 
 
 
579 aa  60.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1770  putative PAS/PAC sensor protein  31.68 
 
 
128 aa  60.1  0.00000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1052  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.81 
 
 
655 aa  60.1  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.620454  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  37.78 
 
 
557 aa  60.1  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  35 
 
 
1225 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0104  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.44 
 
 
141 aa  59.7  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.141556  normal  0.0323603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0346  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.05 
 
 
122 aa  59.3  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108962  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  36.51 
 
 
693 aa  59.7  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4050  serine phosphatase  35.56 
 
 
766 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.21 
 
 
952 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0586  signal transduction histidine kinase, LytS  41.18 
 
 
123 aa  59.3  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0183303  hitchhiker  0.00998812 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2037  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.49 
 
 
182 aa  58.2  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.1 
 
 
549 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.69 
 
 
616 aa  58.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2307  putative regulator  35.29 
 
 
181 aa  57.8  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4034  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.51 
 
 
129 aa  57.8  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 
698 aa  57.8  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3955  ATP-binding region ATPase domain protein  39.62 
 
 
135 aa  57.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2744  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.52 
 
 
155 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0168  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.92 
 
 
149 aa  55.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.129671  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3236  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.95 
 
 
137 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0777  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.91 
 
 
130 aa  55.1  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0574046  hitchhiker  0.00140169 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2641  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.72 
 
 
122 aa  55.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000159202  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1570  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.21 
 
 
135 aa  54.7  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.196284  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
352 aa  54.7  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5093  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.88 
 
 
132 aa  53.9  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.738847  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
713 aa  53.5  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  29.27 
 
 
1141 aa  53.1  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  36.44 
 
 
771 aa  52.8  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  34.65 
 
 
692 aa  52.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3741  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  42.35 
 
 
133 aa  52.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.217317  normal  0.012325 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  37.6 
 
 
693 aa  53.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  37.29 
 
 
716 aa  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2036  hypothetical protein  29.3 
 
 
159 aa  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2666  putative signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 
432 aa  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2800  putative signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
135 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.366639  normal  0.788147 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  33.9 
 
 
745 aa  51.6  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  34.68 
 
 
713 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1919  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.64 
 
 
150 aa  51.6  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0025  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.4 
 
 
226 aa  51.2  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  33.04 
 
 
743 aa  50.8  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  32.47 
 
 
139 aa  50.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.36 
 
 
135 aa  50.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  0.468222 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  35.56 
 
 
805 aa  50.8  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.89 
 
 
921 aa  50.4  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
695 aa  50.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.44 
 
 
747 aa  50.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0755  putative regulatory protein  37.07 
 
 
164 aa  49.7  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364098  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0374  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.82 
 
 
248 aa  49.7  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  28.57 
 
 
853 aa  48.9  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  40.62 
 
 
684 aa  48.5  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
526 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8468  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.54 
 
 
245 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.319959 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.79 
 
 
728 aa  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
527 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0192  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.71 
 
 
177 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.513716 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1049 aa  47.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4491  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.95 
 
 
160 aa  47.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6631  putative signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
135 aa  47.4  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0674873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.14 
 
 
817 aa  47.4  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4299  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  35.71 
 
 
256 aa  47.4  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.108832  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.41 
 
 
673 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  30.53 
 
 
144 aa  47  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2474  hypothetical protein  37.36 
 
 
132 aa  47  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4525  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.65 
 
 
130 aa  47  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.58 
 
 
898 aa  47  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  29.85 
 
 
1432 aa  47  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.76 
 
 
878 aa  47  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  37.08 
 
 
528 aa  47  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4668  ATP-binding region ATPase domain protein  33.33 
 
 
148 aa  46.6  0.0009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2379  putative serine/threonine kinaseanti-sigma factor  33.96 
 
 
197 aa  46.6  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.084958 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>