More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0346 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 367 aa  732    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  76.23 
 
 		 366 aa  559  1e-158  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  64.43 
 
 		 358 aa  463  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.53 
 
 		 366 aa  382  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.14 
 
 		 365 aa  376  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  54.79 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  54.79 
 
 		 366 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  54.79 
 
 		 366 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  57.22 
 
 		 404 aa  363  2e-99  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  44.99 
 
 		 362 aa  281  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  46.91 
 
 		 353 aa  258  9e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  46.57 
 
 		 354 aa  245  9.999999999999999e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  46.24 
 
 		 350 aa  227  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  39.39 
 
 		 388 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  38.57 
 
 		 365 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  39.39 
 
 		 388 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  42.12 
 
 		 375 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  40.62 
 
 		 339 aa  194  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 346 aa  193  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 346 aa  193  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 346 aa  193  5e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 		 358 aa  182  7e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 359 aa  179  5.999999999999999e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  35.13 
 
 		 358 aa  178  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  37.25 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.38 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.96 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3807  LacI family transcription regulator  42 
 
 		 350 aa  166  6.9999999999999995e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0659508  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  35.24 
 
 		 353 aa  166  9e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3061  transcriptional regulator, LacI family  36.1 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.111004  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  35.59 
 
 		 341 aa  160  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  34.45 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2909  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  29.95 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.420519 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3181  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 348 aa  156  6e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.029508 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  34.27 
 
 		 343 aa  156  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  33.54 
 
 		 342 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  33.54 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0601  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 379 aa  154  2e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.115964  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3821  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.383217  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 336 aa  146  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0564  transcriptional regulator, LacI family  29.66 
 
 		 414 aa  142  7e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.432352  normal  0.0264238 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.79 
 
 		 346 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  35.17 
 
 		 351 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  31.9 
 
 		 357 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  32.96 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.89 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  27.4 
 
 		 337 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.21 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.57 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.1 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  28.1 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  33.61 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  29.08 
 
 		 332 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.95 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  30.83 
 
 		 339 aa  124  4e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4271  transcriptional regulator, LacI family  35.49 
 
 		 349 aa  124  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.189844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 339 aa  123  5e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.83 
 
 		 348 aa  123  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 340 aa  122  8e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  29.07 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.49 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  31.84 
 
 		 473 aa  120  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  32.13 
 
 		 348 aa  120  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3470  transcriptional regulator, LacI family  36.21 
 
 		 331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  31.62 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  26.32 
 
 		 337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.28 
 
 		 333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 331 aa  119  6e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.21 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.28 
 
 		 339 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4918  transcriptional regulator, LacI family  30.14 
 
 		 346 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3841  transcriptional regulator, LacI family  30.14 
 
 		 346 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  26.28 
 
 		 333 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.52 
 
 		 340 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  34.34 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  28.36 
 
 		 340 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.11 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.65 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>