More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0061 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  92.67 
 
 		 343 aa  637    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  92.67 
 
 		 343 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  99.71 
 
 		 342 aa  704    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 342 aa  705    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  99.12 
 
 		 342 aa  700    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  92.67 
 
 		 343 aa  639    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  92.67 
 
 		 343 aa  639    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  80 
 
 		 343 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  55.43 
 
 		 341 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.82 
 
 		 366 aa  289  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3821  LacI family transcription regulator  46.6 
 
 		 324 aa  278  8e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.383217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2909  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  36.84 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.420519 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  33.54 
 
 		 362 aa  177  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 404 aa  159  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 367 aa  159  9e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  33.05 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.14 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 366 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.66 
 
 		 347 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 375 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  33.53 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  32.42 
 
 		 339 aa  143  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  32.53 
 
 		 354 aa  144  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.04 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 344 aa  136  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 365 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 388 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 388 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  30.31 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 346 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 346 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 346 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  29.89 
 
 		 358 aa  126  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.52 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.09 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 348 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.92 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.92 
 
 		 347 aa  110  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.45 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  26.45 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.45 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.45 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  26.45 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.45 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.45 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.45 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  25.45 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.41 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  27.4 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2717  LacI family transcription regulator  29.09 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4069  LacI family transcription regulator  29.32 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3452  LacI family transcription regulator  29.32 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.66 
 
 		 356 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.39 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.24 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  27.53 
 
 		 330 aa  106  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.7 
 
 		 335 aa  106  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5165  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 		 330 aa  106  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.96 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3401  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.96 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  28.66 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.96 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.96 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.96 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.17 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5235  LacI family transcription regulator  28.18 
 
 		 330 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  24.63 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.17 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 333 aa  104  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  26.2 
 
 		 340 aa  103  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  27.36 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  26.41 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  27.68 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.86 
 
 		 335 aa  102  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  25.81 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.05 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 338 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.35 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  28.19 
 
 		 355 aa  101  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.11 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  28.08 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0341  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.89 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000954655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  26.43 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  27.3 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.39 
 
 		 356 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1549  LacI family transcription regulator  25.89 
 
 		 344 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  25.23 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  27.69 
 
 		 333 aa  99.8  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1441  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.89 
 
 		 344 aa  99.8  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110495  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3807  LacI family transcription regulator  27.93 
 
 		 350 aa  99.8  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0659508  normal  0.169794 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>