More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02629 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  700    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  55.72 
 
 		 342 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  55.72 
 
 		 342 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  55.43 
 
 		 342 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  55.26 
 
 		 343 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.26 
 
 		 343 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.26 
 
 		 343 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  55.26 
 
 		 343 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  52.55 
 
 		 343 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3821  LacI family transcription regulator  48.85 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.383217  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.35 
 
 		 366 aa  289  6e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2909  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  41.05 
 
 		 365 aa  235  7e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.420519 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 362 aa  180  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 		 366 aa  166  8e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 350 aa  162  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  35.59 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 404 aa  157  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  32.58 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  32.58 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  32.58 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.64 
 
 		 366 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  32.32 
 
 		 375 aa  149  6e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 366 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 366 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 366 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 346 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 346 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 346 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 354 aa  144  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.95 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.43 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 358 aa  135  8e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  30.12 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 		 358 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  31.53 
 
 		 358 aa  129  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  29.18 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.4 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 353 aa  122  9e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.99 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.46 
 
 		 356 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  28.33 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27 
 
 		 342 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27 
 
 		 342 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  27.66 
 
 		 340 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  27.94 
 
 		 338 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.41 
 
 		 347 aa  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3061  transcriptional regulator, LacI family  30.14 
 
 		 323 aa  112  8.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.111004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.57 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  27.57 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.57 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.57 
 
 		 343 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.57 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.57 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.38 
 
 		 348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  27.57 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  26.86 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  28.91 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.57 
 
 		 343 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1069  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  27.81 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.209088 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  27.36 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.71 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  27.66 
 
 		 340 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 346 aa  109  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.41 
 
 		 335 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.57 
 
 		 337 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.06 
 
 		 341 aa  109  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  28.27 
 
 		 340 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 		 330 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  26.84 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.61 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0588  LacI family transcription regulator  27.53 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.979882  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.61 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0527  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.61 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.61 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.61 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.71 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  28.01 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  25.83 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  27.88 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.05 
 
 		 356 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  26.87 
 
 		 336 aa  106  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  24.78 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  26.65 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 341 aa  106  6e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.65 
 
 		 333 aa  106  7e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  27.58 
 
 		 359 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  27.3 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.75 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.69 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  28 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  24.26 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1740  RbsR family transcriptional regulator/ribose operon repressor  28.07 
 
 		 347 aa  105  2e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.214508  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2717  LacI family transcription regulator  27.86 
 
 		 330 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>