More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3821 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3821  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 324 aa  659    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.383217  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.71 
 
 		 366 aa  296  4e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  48.85 
 
 		 341 aa  290  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  46.91 
 
 		 342 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  46.91 
 
 		 342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  46.6 
 
 		 342 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  45.37 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.39 
 
 		 343 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.39 
 
 		 343 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  46.39 
 
 		 343 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  46.39 
 
 		 343 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2909  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  40.37 
 
 		 365 aa  226  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.420519 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  38.74 
 
 		 375 aa  177  2e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  34.74 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  38.07 
 
 		 339 aa  152  8.999999999999999e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 		 354 aa  152  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 367 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 404 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.73 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.44 
 
 		 366 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 346 aa  139  8.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 346 aa  139  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 346 aa  139  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.13 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  28.9 
 
 		 365 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  28.98 
 
 		 388 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  28.98 
 
 		 388 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 358 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  32.8 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  30.47 
 
 		 358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  25.89 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  28.87 
 
 		 337 aa  116  6e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.99 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1434  transcriptional regulator, LacI family  25.45 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  27.94 
 
 		 351 aa  110  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  27.94 
 
 		 353 aa  109  6e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  29.29 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  27.24 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.3 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 330 aa  107  4e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4271  transcriptional regulator, LacI family  29.29 
 
 		 349 aa  106  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.189844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.57 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 335 aa  105  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  27.49 
 
 		 359 aa  105  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3807  LacI family transcription regulator  30.07 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0659508  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  27.6 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3181  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 348 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.029508 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  27.03 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.93 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.7 
 
 		 335 aa  103  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  27.93 
 
 		 333 aa  102  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  26.71 
 
 		 336 aa  102  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.75 
 
 		 348 aa  99.8  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  24.85 
 
 		 345 aa  99.4  8e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11680  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 336 aa  99  9e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3125  LacI family transcription regulator  26.91 
 
 		 304 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.369308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  26.52 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.45 
 
 		 330 aa  98.6  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  26.58 
 
 		 381 aa  97.1  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  25.99 
 
 		 339 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27 
 
 		 341 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  27.89 
 
 		 338 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.93 
 
 		 335 aa  96.7  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.24 
 
 		 335 aa  97.1  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  26.52 
 
 		 337 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2659  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 339 aa  96.3  6e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.34431  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.29 
 
 		 337 aa  96.3  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.49 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  26.49 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  27.11 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  26.04 
 
 		 346 aa  95.5  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  28.78 
 
 		 344 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  27.38 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.91 
 
 		 347 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 343 aa  95.5  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6530  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 352 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00751965 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 330 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.74 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  25.66 
 
 		 336 aa  95.1  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  26.49 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 343 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  27.66 
 
 		 362 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  27.65 
 
 		 348 aa  94.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  27.6 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  28.19 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  25.44 
 
 		 345 aa  94  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0892  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 		 348 aa  94  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.774645  normal  0.081922 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>